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Skyline 小分子目标 Skyline 靶向蛋白质组学环境提供充足的视觉信息，可查看您导入 Skyline 文档的原始质谱仪数 据。Skyline 最初系为蛋白质组学而开发的，现在其应用已延伸到普遍小分子领域。许多教程都 可以帮助您使用 Skyline 进行各种类型的数据分析（例如：SRM、MS1 筛选、DIA、靶向 MS/MS 等等）。本教程将集中讲述使用 Skyline 进行小分子的定向分析。 在本教程中，您将为一组与蛋氨酸途径相关的化合物建立一项多反应监测 (MRM) 实验。 Skyline 旨在提供一个不分质谱仪供应商并且可用于靶向定量质谱研究的平台。这个平台可以导 入在不同仪器供应商的质谱仪上采集的原始数据， 如，Agilent、SCIEX、Bruker、Shimadzu、Th ermo-Scientific 和 Waters。这将能极大地促进不同仪器之间的比较和大型多站点研究。这种方 法在蛋白质组学领域中已使用多年，所以在将其用于定向小分子时同样奏效。 开始 首先，请下载下列 ZIP 文件： /tutorials/SmallMolecule.zip 将其中的文件解压到您电脑上的文件夹，如： C:\Users\bspratt\Documents 这将创建一个新文件夹： C:\Users\bspratt\Documents\SmallMolecule 这里会包含本教程需要的所有文件。现在打开 Skyline，然后您将看到一个新的空文档。 将一个小分子离子对列表导入 Skyline 文档 将小分子离子对列表导入 Skyline 文档最简单的方法是，打开一个空白文档，使用编辑插入离 子对列表菜单项。[注释：文件导入离子对列表菜单项还不能用于非蛋白质组数据。它无法在 一个小分子离子对列表中猜出哪些列是做什么的。] Skyline 至少需要知道每个母离子和子离子的电荷状态和离子公式或质荷比。如果没有子离子信 息，则它会被认为是母离子目标列表。与肽段的情形一样，如果一个列别中含有重复的母离子信 息和不同的子离子信息，这会被认为暗示一个单一母离子有多个离子对， 。 1 关于离子公式的一条注释 在蛋白质组学应用方面，Skyline 完全可以人为多肽是通过质子化来实现离子化。所以，描述一 个带电肽段所需要的信息就是其序列和电荷状态。Skyline 仅仅按需要向多肽的基础化学式添加 了质子（氢减去一个电子）。然而对于普遍小分子来说，离子化几乎可以通过任何方法来实现 （获取钠、失去氢等等）。向Skyline 描述这些信息最可靠、最灵活的方法就是使用离子公式。 也就是说，如果您的单带电分子是由获取钠被电离的，那么您必须向在 Skyline 界面中指定的化 学公式添加一个钠原子。 （注释：您的离子对列表中完全可以只含有母离子和子离子的质荷比信 息，但若没有化学公式，Skyline 无法提供同位素分布。） 插入离子对列表 按以下步骤可开始创建定首个小分子定向分析的 Skyline 文档：  找到 “SMTutorial_TransitionList.csv”文件，用 Excel 打开。  在编辑菜单中选择插入，然后单击离子对。 Skyline 会显示插入表格，出现时看起来像这样： 如果出现上图，则您可以按以下步骤操作使其可以处理小分子数据：  单击表格底部的小分子选项。 此表格应看起来像： 2 在离子对列表电子表格中，您会发现以下值： Molecule List Name Precursor Name Precursor Formula Precursor Charge Precursor RT Precursor CE Product m/z Product Charge Amino Acid Methionine C5H12NO2S 1 2.5 15 104.07 1 Amino Acid d3-Methionine C5H9H3NO2S 1 2.5 15 107.09 1 Amino Acid Iso