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年级 09 专业 生物技术 课程名称 数据库 姓名 王心宇 学号 2009156047 实验日期 2011.12.15 实验题目 实验四:数据库的构建 实验目的 掌握数据库设计的周期 实验要求 数据库中存放着基因的geneid,基因名; 数据库中存放着蛋白质复合物的名称和蛋白质复合物的ID; 数据库中存放着基因和基因之间的互作关系数据,在基因互作关系中,用geneid代表基因; 数据库中存放着蛋白质复合物和组成蛋白质复合物的基因; 原始数据:基因互作数据,蛋白质复合物数据,基因信息数据; 给出一个基因的名称或者基因的ID,查询该基因相关的蛋白质复合物; 给出一个基因名或基因的ID,查询该基因在基因互相网络中的直接互作基因; 给出一个蛋白质复合物的名字或复合物的ID,查询构成该复合物的基因,以及该复合物的相关基因之间的互作关系; 我们所关注的所有基因,蛋白,复合物都是人类的; 构建适当的数据库和数据表,实现上述数据的存放和相应查询要求; 实验步骤 去掉HPRD_ID_MAPPINGS.txt中的第一行。然后导入symbol,geneid,swissprot_id。 (下面为导入gene.txt得到的,因为allComplexesCore.csv中subunits (Entrez IDs) 存在问题。所以不采用下面这个表) 去掉allComplexesCore.csv第一行,然后导入id和name 去掉BINARY_PROTEIN_PROTEIN_INTERACTIONS.txt第一行,导入gene1,gene2,reference_id(complex_id); 去掉allComplexesCore.csv第一行,然后导入id, subunits (UniProt IDs) 基因互作数据:表 pro_interactors; 蛋白质复合物数据:表pro_complex 和pro_subunits; 基因信息数据:表gene_info 给出一个基因的id‘9759’,查询该基因相关的蛋白质复合物 给出一个基因的id‘43’, 该基因在基因互相网络中的直接互作基因 给出一个蛋白质复合物的名字或复合物的ID‘333’,查询构成该复合物的基因,以及该复合物的相关基因之间的互作关系 实验步骤 实验步骤 实验步骤 实验步骤 总结 附录
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