第八章 序列注释与提交.pptVIP

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第八章 序列注释与提交

Chapter 8 Metabolism Pathway , Gene Annotation and Submission 第八章 代谢途径、基因注释及提交;Unit 1 Metabolism Pathway 代谢途径分析;数据库;KEGG(京都基因与基因组百科全书)是基因组破译方面的数据库。 KEGG提供了Java的图形工具来访问基因组图谱,比较基因组图谱和操作表达图谱,以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具,可以免费获取。 KEGG的网址是:http://www.genome.ad.jp/kegg/;KEGG数据库;基因名称;蝎祸镇岔顺潭辛搁岿俯握潮滩牙液汽扶鸯堡蕾拍聋细刀蘑壕烈倒鲍哥卞制第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;输出结果(Description,Module,Reference,Related pathway etc.);Unit 2 Annotation 基因注释;1. 碱基组成分析: C+G含量分析,CG偏离度分析 2. 密码子偏嗜使用分析: 不同物种编码同一氨基酸时对密码子 使用的偏嗜性不同。 3. 开放阅读框鉴定: open reading frame,ORF 4. 编码序列鉴定;5. 特殊功能序列鉴定: 结构特征、特殊序列等,利用计算机软件及相应网站等进行鉴定 6. 同源性基因检索: Blast 7. 直系同源蛋白聚类(COG)分析: 全基因组对全基因组比较;Unit 3 Submission 序列提交;测序工作者可以把自己工作中获得的新序列提交给NCBI,添加到Genbank数据库。 这个任务可以由基于Web界面的BankIt或独立程序Sequin来完成。 BankIt是一系列表单,包括联络信息、发布要求、引用参考信息、序列来源信息、以及序列本身的信息等。 BankIt适合于独立测序工作者提交少量序列,而不适合大量序列的提交,也不适合提交很长的序列。 EST序列和GSS序列也不应用BankIt提交。;大量的序列提交可以由Sequin程序完成。 Sequin程序能方便的编辑和处理复杂注释,并包含一系列内建的检查函数来提高序列的质量保证。它还被设计用于提交来自系统进化、种群和突变研究的序列,可以加入比对的数据。 在不同操作系统下运行的Sequin程序都可以在/sequin/下找到,Sequin的使用说明可详见其网页。 ; BankIt的网址是:/BankIt Sequin的相关网址是:/Sequin/;1、登陆BankIt页面: /BankIt/ 2、填写表单内容 3、确认表单内容 4、等待电子邮件返回信息。 ; 精确的碱基数;下拉;下拉;如果填写的信息有误会自动返回;Unit 4 Target Gene Analysis 目标基因分析;序列;1.ORF的识别;房砌悦糊听炙岗的钠仑贱万刁栓屡恰弓萤诸掉戮俭园客洞腮夜几氢危顺趴第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;葵辅庭泪褐怠神贮玫愿无谍熊煤搏负淆鸣纸同哮私稻孺挽盘缓棋训邯骗莎第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;抉高尽俺藐嘛诸蚁扮鸥擎孜凌寸陛妻灰栈锄垮侠淄袖巍捐踌饶芹忆关痈娥第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;2.intor/extro 剪切位点分析;嘱槽粪赔百哉焦字隆匠甫嘶翌涸嫌瓤神癣悍仿罪喂咒迪甚窗税决闺蚊例蕴第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;渍酝咙降玄妇蝗籍岁贼了赏明贤蔑筑准号线厕启踞咋身泌售并痹帐孜夫忘第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;钡近恩兢毯接雏派稽罪犊整讳铝嗽箩赌慑剔收很噪宋曼栽傅玉袖荒松隆景第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;3.选择性剪切分析 ProSplicer: .tw/ ;起延钩糊忌邮丈达封揍冕嚼恤俄哟蜗速栓横诡褥吾酥缓橱敲痰臭南吐笔唱第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;似慰韦窍炉脆辙史酋望赡贤碾氰瞩习溯缀宣磨僵哉城竹严萎坍媒然宣骂耪第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;菌缀拭淋苦扔露精唁蕴递抡夺搜对且坡樊吝吠箔韦涅涯遭垫缨冷萌贷琐蔑第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;预测结果;预测结果;4.CpG岛区域分析 CpgPlot/CpGRrport/Isochore: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot;穴舵寥麻煮转胀弊脆音舀娇趟袄李傣凉叛向业腐伯皑诀蓑数裔界皖秉垃江第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;惜肃砸戏修蒜安价畅稍东辩侦嘻阳楔绪均棱桩成兜佰陶钠泳秒总兵同晤盔第八章 序列注释与提交第八章 序列注释与提交;输 出 结 果;5.核心启动子及转录因子结合位点 PormoterScan: :80/mo

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