大豆高密度SNP标记遗传图谱构建.pdfVIP

47 6 Vol． 47 No． 6 第 卷 第 期 河 南 农 业 大 学 学 报 2013 年 12 月 Journal of Henan Agricultural University Dec． 2013 文章编号:1000 － 2340 (2013)06 － 0671 － 06 大豆高密度SNP 标记遗传图谱构建方法的比较 1，2 ， 2 ， 2 ， 2 ， 3 ，PEＲＲY Cregan3 ， 1 ， 1 谭 文 顾 王 宋 邢 李 瑞娟 自翔 翠华 德春 启建 小萍 洪连 ( 1． ， 南 郑州 450002 ; 2． 密歇根 州立大学植物土壤微生物 系， 河南农业大学植物保护学院 河 48824 ; 3． ， 20705) 密歇根 东兰辛 美国农业部农业研究服务 中心 马里兰 贝尔茨维 尔 : U01 － 390489 × E07080 F 96 C2 50 摘要 以对大豆猝死病抗性不同的大豆品 系 所衍 生的 4 : 5 代 个 家系的 连锁群上 SNP ， Joinmap4． 0 Icimapping 2 个 多态性 标记位点为基础数据 对 比分析 了利用 及 个软件不同计 算方法所构建 的 遗传 图谱的异 同及优劣． 结果表 明，Icimapping 构建 的 图谱长度较 Joinmap4． 0 所建图谱短 ，Icimapping 包含 的几 种算法构建的 图谱长度相近 ，Joinmap 中 Ｒegression 的计算方法所构建 的遗传 图谱与 soybase 上的一致 图谱长度 最为接近 ，Maximum Likelihood 算法得出 的 图谱长度与 Fixed Order 算法 图谱长度相近． Icimapping 的构建的 图谱 ， ， ． Joinmap regression ， 中 较 多的标记聚集于 同一位点 其 中的几种 算 法相 近 中 算 法 的 图谱结果乱序标记 较 多 Maximum Likelihood ， Fixed Order ． ，Joinmap Maxi- 构建的 图谱乱序标记较 少 与 的结果更为接近 研究 结果表 明 的 mum Likelihood 算法更适合 于高密度 的 SNP 标记的 图谱构建． : ;