20131230蛋白质组学及生物信息学程序.ppt

* One-dimensional gels (for example, analysis after affinity purification)Two-dimensional gels (for example, analysis after affinity purification, body fluids, etc.)Protein chips (chips coated with, for example, proteins or antibodies)Proteins/protein complexes in solution (identification without electrophoresis) * ★蛋白质三维结构和相关数据库 1. PDB /pdb/ 是美国Brookhaven实验室的大分子结构数据库，主要是通过X射线晶体衍射、核磁共振等手段测定的生物大分子的三维结构，也包括了核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。 截至2012/10/16，已含有约85435个结构，90%是蛋白质结构。(Macromolecule databse of Brookhaven, including the structures of proteins from X-ray, NMR and others, also including 3-D structures of nucleic acid, complex and others. Till Oct 12, 2011, there are 76,495 structures in this databse, 90% of which are protein structures.) 观看生物分子3D微观立体结构的软件,可以旋转,以多个模式观看，并可以存成普通图形文件。(Software for 3D structure showing: rotating, multiple modes, converting into normal JPG files) IE与NetScape浏览器插件, 可直接用浏览器观看PDB文件,直接观看3D分子。(plug-in unit of IE and NetScape, can see PDB files and 3D molecules directly) CHIME 2.6 SP6 PDB格式至POV格式转化工具，可将大分子PDB格式文件转化为POV格式，以便用pov-ray进行三维渲染，生成质量非常高的分子三维图形。 (Converting tools to change the PDB files to POV files for the 3D color applying of pov-ray, to produce high-quality 3D graphics.) MolPOV 2.0.8 2. CPHmodels: www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/ 采用同源建模来预测蛋白质三级结构的一个网络服务器，同时也采用了以预测距离为基础的串线(threading)算法。 (A web server for protein structure prediction using Homology Modeling, also using the threading algorithm ) 同源建模是先在蛋白结构数据库中有哪些信誉好的足球投注网站目标蛋白的同源蛋白作为模板，将目标蛋白与模板进行比对，再运用一定的运算方法，以模板结构为基础构建模型，进行模型优化，将构建的模型作为预测的结果。 串线算法是利用折叠识别预测蛋白质结构的方法，先从蛋白质结构数据库中挑选蛋白质结构建立折叠子数据库，以折叠子数据库中的折叠结构为模板，将目标序列与这些模板匹配，通过计算打分函数的值判断匹配程度，根据打分值给模板结构排序，分值最高的被认为是目标序列最可能采取的折叠结构。 WX2@ 3.MMDB http://sander.ebi.ac.uk/hssp/ 所有实验测定的三维结构(3-D Structures from experiments) 该数据库的目标是使三维结构信息及其提供的功能注释可很方便地提供给分子生物学家。 (The goal of this database is to give an easy method to compare the information of different structures and their related annotation) 比如，人们可能会选与一个感兴趣的序列相