肿瘤研究的分子生物学数据库资源课件.pptVIP

肿瘤研究的分子生物学数据库资源;一篇论文的题目;主 要 内 容;NCBI的相关资源;Genes and disease;Genes and disease 页面;染色体的图谱;SKY—Spectral Karyotyping 多色标记的探针与染色体杂交 M-FISH—Multiplex Fluorescence In Situ Hybridization CGH—Comparative Genomic Hybridization 肿瘤和对照细胞的基因组DNA标记不同颜色荧光探针等量混合后分别与肿瘤和对照细胞的染色体杂交。 ;SKY的原理;CGH的原理;CGH比较工具 输入染色体片段和得失，如：7[gain]或3p[loss]. ;比较工具;比较结果;CGH图示;大规模分析基因表达的方法 对某一组mRNA中基因表达定量检测 一群mRNA中的每一个mRNA的同一位置取9-10bp的一段序列，（从统计学上说这样的序列可以代表95%的人类基因），每一种9-10bp的序列的拷贝数则代表基因表达的拷贝数，也就可以说明基因表达活性的高低。;方法 RNA反转录为cDNA，同时用生物素标记cDNA末端 随后用一种限制性内切酶（NlaIII (CATG)）切割cDNA分离酶切位点3‘端的序列 另一种酶再切割cDNA片段，去除带生物素的3’端 用PCR扩增每一个标签片段，将30-50个不同的标签片段连成一个单一的DNA分子 最后克隆并测序这些分子 酶切位点3端的序列出现的拷贝数就代表了基因表达活性的高低; 流程图;查询方式 ...by tag ...by sequence ...by library ...by gene name;输入序列 先查询序列中的Tag 根据Tag来查询在SAGE文库中出现的频率;输入GenBank号或序列进行查询;查询结果;查询结果;Cancer Genome Anatomy Project (/);CGAP主页;Genes;每个基因————一个Gene info页面 UniGene、LocusLink、OMIM、DTP search、cDNA Libraries、Cluster Assemblies、和SNPs等数据库的链接 细胞遗传学定位和Mitelman断裂点信息 蛋白相似性 人类和小鼠的同源组 IMAGE（Integrated Molecular Analysis of Genomes and their Expression）协议来源的序列链接 全长MGC（Mammalian Gene Collection）克隆链接 Gene Ontology功能分类 ;Genes工具列表 Gene finder：按照特定标准查找单个或多个基因的工具 Gene Ontology Browser：通过分子功能、生物学过程和细胞组分对人和小鼠的基因分类 Nucleotide BLAST：通过CGAP界面，查找给定核苷酸序列的代表基因 Lists of Candidate, Validated, and Confirmed SNPs：包含单核苷酸多态性的基因信息 CGAP SNP Index：通过基因名称、符号和GenBank序列号查找代表SNPs SNP Gene Viewer：将人类SNPs定位于参考序列和MGC序列，预测蛋白编码的变化 ;Gene info;Chromosomes ;Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer （肿瘤染色体畸变数据库） Recurrent Chromosome Aberrations Searcher用来查找重复出现的染色体畸变 SNP500 Cancer Database 用于查找SNP的工具 可以通过基因名称、SNP号、染色体和基因功能查询;查找肿瘤重复出现的染色体畸变;Tissues ;cDNA xProfiler ;SAGE;SAGE Anatomic Viewer;查询结果;Tissue only 查询结果;SAGE的数据;RNAi;PATHWAYS;BioCarta公司信号转导途径图谱 KEGG代谢途径和信号转导途径图谱 Pathway Searcher;CGAP基因表达分析工具的汇总 ;肿瘤学和血液学的细胞遗传学biogen.fr/services/chromcancer/;收集了各种在肿瘤中具有染色体异常的基因，包括其基因名称、产物、在肿瘤中的异常情况，以及与各种数据库的链接 收集了白血病、实体瘤、癌前病变的细胞遗传学数据 以染色体来分类描述各种肿瘤中的染色体异常 包括了许多高水平的综述(Deep Insight)和病例报告;22号染色体;t(9;22)(q34;q11);t(2;8)(p1