基于粗糙集的蛋白质结构分类属性筛选.PDFVIP

第３１卷第５期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ．３１Ｎｏ．５ 　 　 ２０１４年５月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ｍａｙ２０１４ 基于粗糙集的蛋白质结构分类属性筛选 敖　培，王　川，张　纪 （河南师范大学计算机与信息工程学院，河南新乡４５３００７） 摘　要：为了对蛋白质结构进行正确分类，提出了一种基于粗糙集理论的蛋白质结构分类属性筛选方法。通过 多结构比对工具ＭＡＭＭＯＴＨｍｕｌｔ获得条件属性值，针对分辨矩阵中元素特点提出了分辨矩阵简化方法和改进 的属性约简方法。实验以ＳＣＯＰ１．７１数据库中结构信息完整的３５个家族数据集为研究对象，采用本方法得 到％ＳＴＲＣＴＣＯＲＥ和％ＬＯＯＳＥＣＯＲＥ两个蛋白质分类属性，并通过两个属性的ｄ１ａ０ｆａ１与 ３５个蛋白质家族、 ４６６２６家族与３５个结构比对结果散点图可以看出，将这两个分类属性作为蛋白质结构分类标准，基本上可以对 蛋白质结构进行客观正确的分类。 关键词：粗糙集；分辨矩阵；属性约简；多结构比对；蛋白质结构分类 中图分类号：ＴＰ３９１　　　文献标志码：Ａ　　　文章编号：１００１３６９５（２０１４）０５１３２８０４ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１４．０５．０１０ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｂａｓｅｄｏｎｒｏｕｇｈｓｅｔ ＡＯＰｅｉ，ＷＡＮＧＣｈｕａｎ，ＺＨＡＮＧＪｉ （ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒ＆ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＨｅｎａｎＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＸｉｎｘｉａｎｇＨｅｎａｎ４５３００７，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃａｎｄｒｅａｓｏｎａｂｌｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎａｔｔｒｉｂｕｔｅｉｓｃｒｉｔｉｃａｌｆｏｒｐｒｏｐｅｒｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｔｈｉｓｐａｐｅｒ ｐｒｅｓｅｎｔｅｄａｍｅｔｈｏｄｏｆｓｅｌｅｃｔｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎａｔｔｒｉｂｕｔｅｓｂａｓｅｄｏｎｒｏｕｇｈｓｅｔｔｈｅｏｒｙ．Ａｔｔｒｉｂｕｔｅｖａｌｕｅｓｗｅｒｅｏｂ ｔａｉｎｅｄｂｙｍｕｌｔｉｐｌｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｔｏｏｌＭＡＭＭＯＴＨｍｕｌｔ．Ｉｔｐｒｏｐｏｓｅｄｍｅｔｈｏｄｓｏｆｓｉｍｐｌｉｆｉｅｄｄｉｓｃｅｒｎｉｂｉｌｉｔｙｍａｔｒｉｘａｎｄｉｍ ｐｒｏｖｅｄａｔｔｒｉｂｕｔｅｒｅｄｕｃｔｉｏｎａｃｃｏｒｄｉｎｇｔｏｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｏｆｅｌｅｍｅｎｔｓｉｎｄｉｓｃｅｒｎｉｂｉｌｉｔｙｍａｔｒｉｘ．Ｄａｔａｓｅｔｏｆ３５ｆａｍｉｌｉｅｓｗｉｔｈｃｏｍｐｌｅｔｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｗａｓｔａｋｅｎａｓｔｈｅｒｅｓｅａｒｃｈｏｂｊｅｃｔｉｎＳＣＯＰ１．７１ｄａｔａｂａｓｅ．Ｔｈｅｐｒｏｐｏｓｅｄｍｅｔｈｏｄｏｂｔａｉｎｅｄ％ＳＴＲＣＴＣＯＲＥａｎｄ ％ＬＯＯＳＥＣＯＲＥｐｒｏｔｅｉｎｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎａｔｔｒｉｂｕｔｅｓ．Ｆｒｏｍｓｃａｔｔｅｒｄｉａｇｒａｍｓｏｆｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｂｅｔｗｅｅｎｄ１ａ０ｆａ１ａｎｄ３５ｆａｍｉ ｌｉｅｓ，４６６２６ｆａｍｉｌｙａｎｄ３５ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ，ｉｔｓｈｏｗｓｔｈａｔｔｈｅｔｗｏｐｒｏｔｅｉｎｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎａｔｔｒｉｂｕｔｅｓａｒｅｔａｋｅｎａｓｔｈｅｓｔａｎｄａｒｄｏｆｐｒｏｔｅｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｃａｎｂｅｃｌａｓｓｉｆｉｅｄｃｏｒｒｅｃｔｌｙ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｒｏｕｇｈｓｅｔ；ｄｉｓｃｅｒｎｉｂｉｌｉｔｙｍａｔｒｉｘ；ａｔｔｒｉｂｕｔ