分子生物学数据库及相关软件的开发利用 The Development and Utilization of Molecular Biology D.pdfVIP

遗传 HEREDITAS(Beijing)21(4):52--531999 分子生物学数据库及相关软件的开发利用① 李 兵．1,2 罗静初，，潘 卫，1唐 注1顾孝诚1 (1北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室；2．北京大学计算中心，北京 100871) TheDevelopmentandUtilizationofMolecularBiology DatabasesandRelatedSoftwares LIBing,1.2LUOJing-chu,PANWei,TANGWen,GUXiao-cheng （1.TheNationalLaboratoryofProteinEngineeringandPlantGeneticEngineering.PekingUmversity; 2,ComputerCenter,PekingUniversity,Beijing100871,China) 生物大分子序列和结构测定技术的完善和应用，使核酸及蛋白质序列数据库及蛋白质结构数据库迅速增长。 面对不断增长的分子生物信息，很多生物学工作者又在此基础上构建了具有特殊生物学意义和专门用途的二次数 据库，使得数据库的内容和种类更加丰富和具体，为生物学各个领域的深人研究提供了坚实的信息基础。由法国 生物信息、研究中心Infobiogen提供的生物数据库目录dbcatct〕可以使用户对目前世界各地提供的分子生物信息 数据库有一个详尽的了解。dbcat本身也是一个具有一定数据格式的数据库，按DNA,RNA,蛋白质、基因图 谱、结构、文献等等分类，对每一种数据库的作者、联系地址、何处获取等信息都有具体的说明 目前，dbcat 数据库中包含了400多种生物信息数据库的记录。同时，针对这些生物数据库而开发的应用软件也层出不穷。这 些软件的充分利用，将成为生物工作者的有力工具。由英国欧洲生物信息研究所 FBI提供的生物软件 目录 Biocatalogcz，对这些软件进行了详细的描述。Biocatalog本身也是具有一定数据格式的数据库，共有50多个类 别，包括序列分析、序列对准a（lignment)、数据库有哪些信誉好的足球投注网站、分子进化、分子建模、结构预测、序列格式转换等 每 一种软件都有作者、联系地址、何处获取等信息，而且大部分软件都在不断地更新。目前，Biocatalog数据库中 收集的软件已达有500多个。大量数据库和软件都可以通过计算机网络获取。欧洲、美国等许多生物信息中心设 有很多站点，以WWW,FTP和E-mail等方式为用户提供各种数据库和应用服务。由于国内网络设施、传输 速度、上网费用等诸多因素的限制，这些信息资源还不能被充分利用，自己测定的序列也不便提交国外服务器处 理。在本单位计算机工作站或网络服务器上安装一些常用的分子生物信P、数据库和应用软件，是解决上述问题的 途径之一。对那些专有数据需要必威体育官网网址的单位，更有必要建立本地数据库服务系统 1997年以来，作为欧洲分子生物学网络组织中国节点，我们在北京大学生物信息中心的网络服务器上安装 了核酸、蛋白质序列、结构等近40个数据库和SRS.GCG,Staden等有关软件3)〔，积累了一些经验。本文对 如何在本地安装数据库和软件作简要介绍． 1 数据库 从数据库的种类来看，核酸和蛋白质序列数据库是最基本的数据库，很多专用的二级数据库都由此而来 目 前常用的核酸序列数据库有美国国家生物技术信息中心N（CBI）的GenBank、欧洲分子生物实验室E（MBL)的 EMBL以及 日本国立遗传研究所的DDBJ;主要的蛋白质序列数据库有瑞士 日内瓦大学的SwissProt，以及美 I收稿日期：1998-09-22；修订日期：1998-10-19 作者简介：李 兵 1（967.12-)，男，工程师，生物物理专业在职硕士研究生，电话：010-627552060 4期 李 兵等：分子生物学数据库及相关软件的开发利用 53 国、德国和日本合作管理的PIR。除了序列数据库，还有美国Brookhaven国家实验室管理的蛋白质结构数据库 PDB，以及众多与序列有关的子库，这里不一一列举。 从数据库的数据格式来看，以上大多数数据库都以文本方式存放数据及数据描述信息，所以使用任何文本浏 览软件都可以对这些数