兔肝DNA的提取、二苯胺显色法测_....pptVIP

以0.01N NaOH 为空白管，在260nm和280nm波长处测定样品液的吸光度，求出样品液的A260/A280比值和DNA浓度。 实验操作 * 第三部分：目的基因SNP位点的鉴定及其意义 SNP(single nucleotide polymophism) 即单核苷酸多态，是指群体中变异频率大于1 %的单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态，包括置换、颠换、缺失和插入。 一般来说，一个 SNP 位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高，大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。 …C C A T T G A C... …G G T A A C T G... …C C G T T G A C... …G G C A A C T G... * SNP对基因功能影响 根据在基因中的位置，SNP 可分为基因编码区SNP(coding SNP, cSNP)、基因内含子区SNP和基因调控区SNP(regulatory SNP, rSNP)。其中cSNP根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP (synonymous cSNP)和非同义cSNP (non-synonymous cSNP)。 非同义cSNP：，蛋白激酶PRKCH基因内的一个非同义cSNP(1425G/A)，等位位点从G到A 的改变可导致激酶的活力增强，进而激活其信号通路，使患脑梗塞的风险增加。 同义cSNP：多向性耐药基因1(MDR1)第3435 位的一个同义SNP(3435C/T)可改变MDR1 基因产物的功能。这种机制不是通过改变mRNA 及蛋白的产量水平，而是通过改变mRNA 的构象、蛋白的折叠及细胞定位，进而影响基因功能的发挥。 内含子区SNP：葡萄糖激酶调节蛋白(GCKR)基因第16 号内含子中的一个SNP(rs780094, T/C)，相比C等位位点，含T等位位点时，个体表现为葡萄糖水平较低、胰岛素耐受较少，患2型糖尿病的风险较低。 调控区rSNP：IFN-γ基因启动子区含一个rSNP(-764G/C)，相比C 等位位点，含G 等位位点时，IFN-g 基因启动子与转录因子的结合增强，启动子活力提高到2~3倍。 * 目的基因SNP的查询 * 输入基因名称与物种名称， 如 NGAL,homo * * * * 实验设计 请介绍除了NCBI以外的SNP数据库及其使用； 查询人Fascin，Ezrin，NGAL receptor等基因的SNP位点，列出它们编码区的SNP，讨论这些SNP对蛋白结构与功能的影响； 请列举检测SNP的实验技术，并评价其优缺点； 请设计一个实验检测一个基因的SNP，并分析这些SNP与某种疾病的关系； 若要判断SNP与疾病有明显关系，需要什么条件。 * * 實驗 P1 生物基因组序列比对分析，分子进化 兔肝DNA的提取与二苯胺显色法测定DNA含量 目的基因SNP位点的鉴定及其意义 综合性设计性实验-5 * 此实验共包括如下三个部分 第一部分：生物基因组序列比对分析，分子进化 第二部分：兔肝DNA的提取和测定 第三部分：目的基因SNP位点的鉴定及其意义 * 第一部分：生物基因组序列比对分析、分子进化 全基因组序列数据的积累,使得不同生物之间的进化关系可以从分子水平上进行研究。不同于以往单纯依赖于生物形态学特征,这种分析更加深刻更加本质。利用分子序列使得我们可以研究,从单细胞生物到植物、动物甚至人的进化关系。 比较基因组学(Comparative Genomics)是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。利用模式生物基因组与人类基因组之间编码顺序上和结构上的同源性，克隆人类疾病基因，揭示基因功能和疾病分子机制，阐明物种进化关系，及基因组的内在结构。目前从模式生物基因组研究中得出一些规律：模式生物基因组一般比较小，但编码基因的比例较高，重复顺序和非编码顺序较少；其GC%比较高；内含子和外显子的结构组织比较保守，剪切位点在多种生物中一致。 * 比较作图就是利用共同的遗传标记（主要是分子标记、基因的cDNA克隆以及基因组克隆）对相关物种进行物理或遗传作图，比较这些标记在不同物种基因组中的分布情况，提示染色体或染色体片段上的同线性（synteny）或共线性（collinearity），从而对不同物种的基因组结构及基因组进化历程进行精确分析。基因组比较作图的研究，不仅提示了同属甚至同科物种基因组间的同源性和差异性，对不同物种在起源、演化过程中的变化的研究具有巨大的启示作用 。 比较作图的研究意义在于：一、根据不同种的基因组基因及其排列顺序的高度保守特点绘制而成的比较图，可以研究和探明它们的进化线索。广泛的比较作图可为多个种所用，建立它们之间的联系框架