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中国科技大学教学课件系列生物信息学
生物信息学;本章内容提要;第三节 打分矩阵及其含义;1， 计分方法;2， PAM系列矩阵;PAM矩阵;PAM1矩阵;PAMn矩阵的构建;例6：PAM矩阵的构建;Step1：多重比对;Step2：构建进化树;Step3：计算氨基酸间的转换次数;Step4：计算各氨基酸相对突变率;Step5：计算氨基酸i替换为j的突变率;Step5：氨基酸一步转移概率矩阵;Step6: 计算PAM1计分矩阵;Step6: PAM1计分矩阵结果;Step7: 计算PAM2计分矩阵;PAM250矩阵;PAM250打分矩阵;打分矩阵的使用;PAM矩阵的问题及改进;3， BLOSUM矩阵;BLOSUM62矩阵构建步骤：;BLOSUM62打分矩阵;BLOSUM PAM;第四节， 多序列比对;全局性的多序列比对;双序列比对;多序列比对：最优算法;动态规划算法：全空间;动态规划算法：优化算法;动态规划算法：Hyperlattice;注意;MSA程序;MSA： 打分方式;多序列比对：方法改进;1. Progressive methods;(1) ClustalW/X;ClustalW/X：计算过程;两两比对，构建距离矩阵;ClustalW的打分原则;ClustalX的使用;ClustalX的使用 ——导入序列文件;执行比对;文件导出;多序列比对：结果处理;选择文件格式;成功导入文件;选择需要拷贝的行;(2) T-Coffee;同时进行全局和局部的双序列比对;ClustalW/X：存在的问题;例如;2. 迭代方法;(1) PRRP;(2) DIALIGN;DIALIGN: 算法流程;3. 部分有向图算法;激酶的多序列比对;4. 隐马尔科夫模型: ProbCons;5. 整合算法MUSCLE;MUSCLE;3. Refinement:
(1)随机从进化树上挑出一条边，删除；
(2)得到两组树，对每组树，计算profile；
(3)将两组profile进行比对；
(4)如果最终得分提高，保留结果，否则丢弃。
;MUSCLE的算法流程;MUSCLE: 使用指南;MUSCLE的使用;多序列比对：性能检验;AMP结合酶的结构/序列比较;性能比较;运算时间比较
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