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基因组，Genome， 一个细胞或者生物体所携带的一套完整的单倍体序列，包括全套基因和间隔序列。 基因组学（genomics）， 研究生物基因组和如何利用基因的一门学问。 蛋白质组 (proteome)： 一个基因组(genome)内所有基因所表达的全部蛋白质。 蛋白质组学 (proteomics): 研究与基因组相对应的蛋白质组的学科，是以细胞内全部蛋白质的存在及其活动方式为研究对象。 有三项科学进展促进了蛋白质组学的诞生，改变了生物学研究的前景。 (1) 在20世纪90年代，基因、表达序列标签 (EST) 和蛋白质序列数据库的发展； 这些生物体的部分或全部序列信息，是非常重要的信息库，在许多情况下，我们都可以免费获取，是我们最终从中获取对生物体系理解的信息库。 (2) 引入易于操作的、基于浏览的生物信息学工具； 利用这些工具可以从上述数据库中获取信息，现在可以在几秒钟内从完整的基因组内有哪些信誉好的足球投注网站到特定的核酸或蛋白质序列，从而可以使得我们通过电脑检测基因和基因产物的结构与功能，探索生命科学的奥妙。 (3) 寡核苷酸阵列(microarray)。 微阵含有一系列基因专一性寡核苷酸或cDNA序列，这些序列都有特定的方式结合在一块玻片或芯片上。 我们可以将感兴趣的样品的DNA混合物荧光标记后与微阵（列）进行杂交，一次可探测几千个基因的表达，一个微阵可以代替几千个Northern blotting分析，可在做一次Northern blotting的时间内完成。（通过使用双色荧光探针） 蛋白质组学的研究特点： 1. 同一性与多样性 2. 有限与无限 3. 静态与动态 4. 时间与空间 5. 孤立行为与相互作用 6. 单一手段和多种技术 7. 互补与互助 1. 同一性与多样性 同一性：在不同发育阶段，在不同种类组织或器官的细胞里，基因组也都是一样的； 多样性：由于蛋白质是生物体生命活动的主要执行者，因此，对于不同类型的细胞或同一个细胞在不同的活动状态下，蛋白质组的构成就不同。 2. 有限与无限 有限：对一个生物体而言，其基因组中的核苷酸数量是确定的，无论是简单的生物体，还是复杂的生物体，都是一样的。 无限：蛋白质的种类有多少则很难说得清，蛋白质组中的的数量将远远大于基因组中的基因数量。，对于基因组中核酸序列的测定（基因研究）是有限的，而对于蛋白质组中的蛋白质种类的确定则是一种相对“无限的工作”。 3. 静态与动态 静态：一个生物体从出生到死亡，其基因组几乎都始终保持不变（凋亡、衰老除外），因而可以认为是静态的。 动态：蛋白质组中的蛋白质的构成也是在不断地变化着。为便于说明，把生命活动中的蛋白质可大致分为两类： 比较稳定的：如负责各种结构组成的蛋白质； 变 化 的：随细胞的生命活动和状态发生量或质的变化的蛋白质，如负责信号转导或细胞活动调控的蛋白质。 4. 时间与空间 基因组：DNA通常位于核内，且保持稳定，因而我们在测定DNA序列时是不受时空影响的。 蛋白质组：蛋白质组研究中，不仅要考虑时间因素，还需考虑空间因素，这是因为： (1) 不同的蛋白质分布在细胞的不同部位，其功能与空间定位密切相关； 要完全了解蛋白质的功能，就必须要知道蛋白质所处的空间位置。 (2) 许多蛋白质在细胞里不是静止不动的，他们在细胞里通常通过在不同的亚细胞环境里的运动发挥作用，如在细胞的信号转导和转录调控也常依赖于蛋白质在空间位置的变化和运动。 5. 孤立行为与相互作用 孤立行为：在基因组中基因表达的各种mRNA是彼此孤立的，互不干扰。 相互作用：蛋白质则正好相反，彼此间存在着广泛的相互作用，蛋白质的功能的实现离不开蛋白质与蛋白质或蛋白质与其他的生物大分子之间的相互作用， 6. 单一手段和多种技术 单一手段: 由于基因组的均一性和简单性，使得使用一种单一的技术（DNA测序）就能够胜任基因组研究任务； 多种技术: 在蛋白质组研究中，所需技术就远远不止一种，并且技术难度也远大于基因组研究技术。蛋白质组研究技术可简单地分为三大类： 蛋白质组的分级分离技术; (2) 蛋白质鉴定技术; (3) 数据库技术及其分析软件的使用 7. 互补与互助 蛋白质组学研究与基因组学研究互相补充又互相帮助； 通过蛋白质组分析，可减低基因注释中的出错率，推测和确定ORF的全长； 通过基因组分析，可预测未知蛋白，从而为细胞功能研究打下基础； 双杂交技术、phage-display技术等是以基因组数据和技术为基础； 在MS测定蛋白质中，离不开对已知基因组中的基因数据的比较。 蛋白质组分析流程 蛋白质组分析的首要要求 将来自于全细胞、组织或生物体中所包含的多达几千种混合蛋白质进行分离、检测和分析。 2-DE 技术是大多数蛋白质组研究中分离复杂蛋白质混合物的首选技术。 双向凝胶电泳(2D)