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I保护碱基
PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表1
酶
寡核苷酸序列
切割率%
2 hr
20 hr
Acc I
GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG
0 0 0
0 0 0
Afl III
CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG
0 90 90
0 90 90
Asc I
GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA
90 90 90
90 90 90
Ava I
CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA
50 90 90
90 90 90
PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表2
酶 寡核苷酸序列 切割率% 2 hr 20 hr
BamH I CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG 10 90 90 25 90 90 Bgl II CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC 0 75 25 0 90 90 BssH II GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA 0 0 50 0 0 90 BstE II GGGT(A/T)ACCC 0 10 BstX I AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表3
酶
寡核苷酸序列
切割率%
2 hr
20 hr
Cla I
CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG
0 0 90 50
0 0 90 50
EcoR I
GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG
90 90 90
90 90 90
Hae III
GGGGCCCC AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA
90 90 90
90 90 90
Hind III
CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG
0 0 10
0 0 75
Kpn I
GGGTACCC GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG
0 90 90
0 90 90
PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表4
酶
寡核苷酸序列
切割率%
2 hr
20 hr
Mlu I
GACGCGTC CGACGCGTCG
0 25
0 50
Nco I
CCCATGGG CATGCCATGGCATG
0 50
0 75
Nde I
CCATATGG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC
0 0 0 0 75 75
0 0 0 0 90 90
Nhe I
GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG
0 10 10
0 25 50
PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表5
酶
寡核苷酸序列
切割率%
2 hr
20 hr
Not I
TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA
0 10 10 25 25
0 10 10 90 90
Nsi I
TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT
10 90
90 90
Pac I
TTAATTAA GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG
0 0 0
0 25 90
Pme I
GTTTAAAC GGTTTAAACC GGGTTTAAACCC AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG
0 0 0 75
0 25 50 90
Pst I
GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAG
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