4 未知基因的序列分析.pptVIP

* 用PROMOTERSCAN预测AC002390序列的启动子区域的结果 找到的TATA box和转录起始位点 预测可能的转录因子 转录因子在提交序列中的位置 2.3 转录终止信号 转录终止信号是在mRNA序列的3端终止密码子下游位置上的加尾信号（tailing signal）。前体mRNA 3端多聚腺苷酸化是真核细胞内mRNA转录后处理的三个最主要步骤之一，这三个步骤包括：5帽子结构的形成、内含子的剪切及3端的多聚腺苷酸化，因此，前体mRNA 3端多聚腺苷酸化与mRNA稳定性的调节、mRNA的细胞内转运、翻译的起始以及一些其他的细胞机制和疾病机制有着重要关系。 真核生物前体MRNA3端的多聚腺苷酸化包括两个步骤： 1. 特异性的核苷酸内切酶在PolyA位点处进行断裂； 2. 腺苷酸聚合酶在断裂位点处添加PolyA尾巴，其主要标志 为AATAAA或ATTAAA两种序列，称为多聚腺苷酸信号 （polyadenylation signal），简称PolyA信号序列，也称为 转录终止信号。 在3UTR区存在多个潜在PolyA位点，因此对PolyA位点的准确识别，对于预测基因结构、理解mRNA的形成机制及某些疾病的分子机制具有巨大的作用。 * 转录终止信号预测：POLYAH /berry.phtml?topic=polyahgroup=programssubgroup=promoter 提交序列文件 提交序列 * polyA位置 GENESCAN预测结果 PolyA位点52398bp 用POLYAH预测AC002390序列的转录终止信号的结果 三、密码子偏好性 密码子偏好性 * 1.研究蛋白质结构功能中的作用 2.在表达外源基因方面的作用 3.在生物信息学研究中的作用 基因密码子偏好性: CodonW * 粘帖目的序列 密码子表的选择 如需计算FOP/CBI选择相应物种 如需计算CAI选择相应物种 http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?form=codonw * 参 数 选 择 计算所有指数 计算有效密码子数 计算GC含量 计算GC3s含量 计算同义密码子数量 计算同义密码子第三位碱基组成 密码子总数 * 密码子使用频率 CodonW结果界面 * 内含子/外显子剪接位点识别 如何分析核酸序列中的外显子组成？ 通过对特征序列(GT-AG)的分析进行直接的预测基因预测软件（NetGene2） 与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置（Spidey） * * 剪接位点识别：NetGene2 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ 提交序列 选择物种 * NetGene2输出结果 供体位点 受体位点 可信度 相位 * mRNA剪接位点识别：Spidey NCBI开发的在线匹配程序 用于mRNA序列同基因组序列比对分析 /spidey * Spidey同源序列的获得:序列比对 通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。 BLAST比对到的三条mRNA序列 * 输入基因组序列或序列数据库号 输入相似性序列 判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数 不受默认内含子长度限制。默认长度：内部内含子为35kb, 末端内含子为100kb 比对阈值 选择物种 输出格式选择 * Spidey输出结果 第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子 外显子对应于 基因组上的 起始/结束位置 外显子对应于 mRNA/cDNA上的 起始/结束位置 供体、受体位点 外显子 长度 一致性 百分比 错配和gap 外显子 序号 序列联配结果 * GENSCAN与Spidey结果比较 可能的选择性剪切体 * 基因结构分析 开放读码框 GENSCAN GENOMESCAN CpG岛 CpGPlot 启动子/转录起始位点 PromoterScan 转录终止信号 POLYAH 密码子偏好分析 CodonW mRNA剪切位点 NETGENE2 Spidey 小结 * 课堂练习 1 跟着ppt，自己尝试操作一遍 2 练习两种预测剪切位点的软件的使用，NetGene2和Spidey。 备注： 数据即ppt example。 Thank you for your attention~ * * 一个完整的真核生物基因，不但包括编码区域，还包括5端和3端两侧长度不等的特异性序列，虽然这些序列不编码氨基酸，却在基因表达的过程中起着重要的作用。所以，严格的“基因”这一术语的分子生物学定义是：产生一条多肽链或功能RNA所必须的全部核苷酸序列。 * * 1.原