高性能集群快速使用手册.docVIP

高性能集群结构 登陆 用户在windows或Linux下，使用客户端，通过ssh协议来链接。 文本界面登陆 软件：SSH Secure Shell Client putty 以ssh client 为例 输入服务器 IP地址，用户名，密码。 即可登陆服务器终端进行命令操作。 文件传输 软件：SSH Secure File Transfer Client winscp 以SSH Secure File Transfer Client为例 图形软件运行界面 软件：xmanager ————》xstart 或 xshell 以Xshell为例，启动Xshell 输入 ssh IP地址 输入 用户名，密码即可登陆 在xshell下可以启动图形界面软件 ＃gedit 即可看到图形界面编辑器 并行和串行程序 串行程序 编译： gcc –o myprogram myprogram.c 运行： 1)#PATH/myprogram 即使是当前路径：需要输入 ./myprogram 2)#myprogram myprogram 所在的路径在PATH环境变量 #echo $PATH /home/users/mashj/mpi/mpich-127-gcc-ssh/bin:/home/users/mashj/compiler/pgi714/linux86-64/7.1/bin:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/pathscale/bin 需要把myprogram拷贝到这些路径中，或添加这些myprogram所在路径到环境变量中 ＃export PATH=my_path:$PATH 执行后可以把这句话添加到~/.bash_profile中 每次shell启动自动添加。 (详情参阅shell编程) 并行程序 编译： mpicc –o my_mpi_program my_mpi_program.c 运行： mpirun –np 8 my_mpi_program 各种mpi运行方法有些不同 mpich 特点： 最基本的mpi，运行最简单，支持mpi1.0标准，用的最广泛，但是效率不高。 使用rsh或ssh； 安装路径；通信方式；都是在编译的时候确定，编译成功后不能更改。 使用： 设置环境变量，确认用mpich export PATH=/data/software/mpi/mpich/bin:$PATH 编译程序： #mpicc –o hello hello.c 运行： #mpirun -np 16 -machinefile ma yourprogram -np 16 起16个进程 -machinefile ma 文件写出在哪些节点上执行该命令，格式如下 #vim ma node1:8 node2:8 ：号后面的8代表每个节点上有8个cpu openmpi 特点 支持mpi2.0,功能强大，灵活，支持infiniband，效率高 使用rsh或ssh可以自由切换，路径可以自己标志，编译器也可以改，一个版本支持多种通讯方式 使用： 设置环境变量，确认用openmpi #export PATH=/data/software/mpi/openmpi/bin:$PATH #export LD_LIBRARY_PATH=/data/software/mpi/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH 因为默认的openmpi编译出来的库为动态库，所有要设置LD_LIBRARY_PATH变量，如果想要不设，在编译openmpi时加上 --disable-shared --enable-static 选项 编译： #mpicc –o hello hello.c #mpicc -showme 可以看到实际调用编译器的情况 运行： mpirun -np 16 -machinefile ma --prefix /data/software/mpi/openmpi --mca pls_rsh_agent rsh --mca btl self,tcp yourprogram -np 16 起16个进程 -machinefile ma 文件写出在哪些节点上执行该命令，格式如下 #vim ma node1 slots=8 node2 slots=8 --pre