应用生物信息学对玉米泛素c末端水解酶的分析-abc.pdfVIP

应用生物信息学对玉米泛素C末端水解酶的分析 G10成员：张桃 康丹 唐婵娟 汇 报 人：范开建 2014-1-13 提纲  实验背景  生物信息技术分析  讨论 背景 去泛素化酶 (deubiquitinating enzymes ，DUBs） 泛素羧基末端水解酶家族 泛素特异性加工酶家族 （ubiquitin C—terminal hydrolases UCHs) （ubiqutin-specific proteases ，USPs) 1、蛋白水解酶中的一大 类其催化活性位点含有 1、UCHs属于半胱氨酸蛋白酶。 亲核的Cys 残基 2 、它可以通过裂解C末端76位甘氨 酸，将泛素分子从小的多肽底物上 2 、成员含有由保守氨基酸 释放出来。 残基组成的催化三联体： Cys-His-Asn / Asp 。 泛素酶与去泛素酶功能关系 泛素酶与去泛素酶功能关系示意图（from PubMed） UCH  泛素化酶影响细胞生理活动，包括细胞生长发育的调节、对细胞周期 的调节、对信号转导的调节  UCHs活性位点上的狭窄裂隙和环状结构直径的限制在一定程度上起到 了特异性识别底物的功能，阻止了它对一些大分子泛素化蛋白的结合 和催化。 材料 引物设计根据及方法 BLAST 从玉米籽粒突变体中分离得到玉米基因组中一长约150bp的片段，NCBI 中BLAST 结果为： 注释信息：长为1714bp的mRNA ，其中3 ˊ—UTR和5 ˊ— UTR分别为256 bp和 351 bp，,编码一个368 aa的蛋白质，为胞内蛋白。 玉米基因组定位 将得到的序列在MaizeGDB中有哪些信誉好的足球投注网站，进行基因组定位： 通过序列比对可知该段基因位于玉米2号染色体大约43,921,000 到43,941,000bp 处。 氨基酸组成分析 用Pepstats分析其氨基酸组成分析，结果： 玉米 拟南芥 人类 疏水性分析 正值越大说明越疏水，负值越大说明越亲水 亚细胞定位 进行细胞亚单位定位预测，采用TargetP分析，预测转运肽。结果： cTP ：chloroplast transit peptide mTP ：mitochondrial targeting peptide SP ：secretory pathway signal peptide 结果显示定位在线粒体和叶绿体的可能性都不很高 二级结构预测 以数据蛋白序列为模板，用SOPMA做的蛋白质二级结构预测，如下图： α螺旋与无规则卷曲含量明显多于β折叠 三级结构预测 PDB有哪些信誉好的足球投注网站 三维结构构建 用phyre预测结果：