基于 Roche 454 GS FLX 的钝吻黄盖鲽(Pleuronectes yokohamae)微卫星标记的开发.pdfVIP

第36 卷 第 1 期 渔 业 科 学 进 展 Vol.36, No.1 2 0 1 5 年 2 月 PROGRESS IN FISHERY SCIENCES Feb., 2015 DOI: 10.11758/yykxjz / 基于Roche 454 GS FLX 的钝吻黄盖鲽 (Pleuronectes yokohamae)微卫星标记的开发* 1,2 2① 4 3 4 1,2 潘 婷 张 岩 张 辉 高天翔 肖永双 姜云荣 (1. 上海海洋大学水产与生命学院 上海 201306 ；2. 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛 266071 ；3. 中国海洋大学水产学院 青岛 266003 ； 4. 中国科学院海洋研究所 青岛 266071) 摘要 利用Roche 454 GS FLX 平台测序技术进行了钝吻黄盖鲽微卫星引物筛选，并采用聚类分 析的方法对得到的 5641 个微卫星位点进行类比分析，得到 247 种多态性位点，其中完美型占 52.22% ，非完美型占20.24% ，复合型占27.54% ，(AC)n 、(AG)n 两碱基重复类型的比例是44% ，重 复次数在10 次以上的占总数的87.5%。随机选取11 个位点的微卫星引物，采用5 个野生个体，利 用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价，4 个位点偏离Hardy-Weinberg 平衡，不同位点得到的等 位基因范围为3−8 ，平均等位基因数为5.0。平均观望杂合度(H ) 、平均期望杂合度(H )及平均多态 o e 性信息含量(PIC)分别为0.588、0.788 和0.670 。结果表明，454 GS FLX 提供了一种直观、高效开 发微卫星的方法。 关键词 Roche 454 GS FLX ；钝吻黄盖鲽；开发；微卫星标记 中图分类号 S917 文献标识码 A 文章编号 1000-7075(2015)01-0026-07 钝吻黄盖鲽(Pleuronectes yokohamae)隶属鲽科、 DNA (Akagi, 1996) 。 黄盖鲽属，分布于太平洋西部近海，在我国黄海和渤 最初采用构建和插入小片段基因组文库是 Tokuko 海均产，是重要的鱼类资源。国内外相关研究主要集 等(1998)在研究东南亚热带雨林树种龙脑香科植物 中在钝吻黄盖鲽的形态学( 张岩等, 2010) 、同工酶 Shorea curtisii 时，从6000 个克隆中只获得4 个阳性 (Fujio et al, 1979; 张岩等, 2007)、RAPD(张岩等, 2008) 克隆，最后只得到 1 个 SSR 引物对，可见这种传统 和AFLP(Zhang et al, 2012) ，目前未见关于开发钝吻 的方法阳性克隆得率很低，成功获得引物的几率更 黄盖鲽微卫星标记的报道。微卫星标记(SSRs, Simple 低。为了提高 SSR 阳性克隆的得率，人们利用 SSR Sequence Repeats) 是一种广泛应用于科学领域的 探针杂交技术对基因组DNA 片段富集，微卫星的富 DNA 分子标记(Sunnucks, 2000) ，可用于生物的遗传 集方法有滤膜富集法和磁珠富集法，Karagyozov 等 多样性分析、遗传图谱的建立、亲子鉴定及遗传育种 (1993)提出的滤膜富集法依然需要小插入片段基因组 等( 苗贵东等, 2011; 游翠红等, 2012;