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Bioinformatics for dummies Bioinformatics is a much simpler subject than you ever thought possible. DNA sequence Protein sequence Protein structure Internet 下两节内容： 期中复习、作业讲评与答疑 NCBI / ExPASy / 北京大学镜像：/ 核酸序列分析 蛋白质序列分析 NCBI Entrez 信息检索系统 进入Entrez检索系统 /Entrez/ 2. Entrez根据用户的要求在8组数据库（PubMed文献数据库、核酸序列数据库如GenBank、蛋白质序列数据库、结构数据库MMDB和PDB、在Genome下的各种基因图谱数据库）之间进行检索。 3. Entrez也提供了功能齐全的通过e-mail进行信息检索的服务。 / 基因获取 NCBI－Blast分析 NCBI－Blast分析 NCBI－ORF分析 操纵子序列与结构－NCBI基因组数据库 ExPASy-蛋白质序列分析 seHAS-hyaluronan synthase 大肠杆菌麦芽糖结合蛋白 透明质酸合成酶的穿膜结构预测 腈水合酶β亚基的预测结果 国外大学开发的基因与蛋白质分析在线服务 图片来自互联网 研究机构 网络资源 基因组计划 数据库 生物信息学教育与学习 生物信息学国内外研究现状 从网络资源来看， 国外互联网上的生物信息学网点非常繁多 大：国家级研究机构，提供新闻、数据库和软件在线服务 小：实验室及小型科研机构，介绍自己的研究成果，提供自己 设计的算法的在线服务 从专业机构的角度来讲， 美国，1988，国家生物技术信息中心（NCBI）； 欧洲，1993，欧洲生物信息学研究所（EBI）； 日本，1995，信息生物学中心（CIB）； 中国：北京大学，1997，生物信息学中心 中科院上海生命科学研究院，2000，生物信息学中心 基因组计划 1986年，著名的生物学家、诺贝尔奖获得者Renato Dulbecco在Science上首次提出“人类基因组计划”。该计划于1990年10月正式启动。 1994年，人基因组23条染色体的全套遗传连锁图发表。 1996年，完成酿酒酵母基因组全序列1250万碱基对，约6200个基因的测定。这是第一个完成全基因组测序的真核生物。 1997年，完成大肠杆菌K12菌株的全基因组序列测定。 1999年，第一条人类染色体，第22条染色体序列测序完成。 2000年，宣布完成人类基因组的测序草图。 2001年，宣布完成拟南芥的全基因组测序。 2001年，宣布完成水稻的工作草图。 根据欧洲生物信息学研究所于2001年统计，11种古细菌、58种真细菌、5种真核生物、628种病毒、90种噬菌体、244种质粒等的全基因组序列测定已经完成。 数据库 一次数据库 二次数据库 专家数据库 目前，绝大部分的核酸和蛋白质数据库由美国、欧洲和日本的3家数据库系统产生；他们共同组成了国际核酸序列数据库DDBJ/EMBL/GenBank，每天交换数据，同步更新。 其他一些国家，如德国、法国、意大利、瑞士、澳大利亚、丹麦和以色列等，在分享网络共享资源的同时，也分别建有自己的生物信息学机构、二级或更高级的具有各自特色的专业数据库以及自己的分析技术，服务于本国生物（医学）研究和开发，有些服务也开放于全世界。 中国在这方面具有较大的差距。 基因组数据库 结构数据库 序列数据库 一次数据库 GDB, AceDB… 核酸 蛋白质 蛋白质结构 GenBank, EMBL, DDBJ … SWISS-PROT, PIR … PDB, NDB, CCSD… 基因组 蛋白质结构 蛋白质序列 二次数据库 Genolist, TransFac… Prosite, Prints, Blocks … DSSP, FSSP, HSSP… 文献摘要 MedLine, Uncover… 部分重要的生物信息数据库 EMBL http://www.embl-heidelberg.de/ GenBank /Web/Genbank/ DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ SWISS-PROT http://www.expasy.ch/sprot-top.html PIR /pir/ GDB / PDB /npdb/ SCOP /scop/ ExPASy / Entrez /Entrez/ 数量的增长：数据库内容的爆炸性增长是生物信息学数据库的重要特征。预计人类基因组计划在2年内还将测出108核苷酸的序列。 复杂程度的增