应用从头计和abeemmm浮动电荷分子力场研究腺嘌呤的水合作用.pdfVIP

摘 要 摘要内容：生物分子与水溶液的相互作用，特别是弱相互作用一直是目前最具 挑战性和最具活力的前沿课题之一。腺嘌呤作为核酸碱基最重要的组成成分之 一，其与水分子的相互作用受到了普遍重视。 本文首先利用从头计算方法对腺嘌呤与1--6个水分子的作用模式进行了 研究，我们计算了腺嘌呤一水复合物的各种性质，如：优化的几何构型、结合 能、偶极矩、频率、自然键轨道、稳定性以及氢键的协同效应等．揭示了腺嘌 呤一水复合物稳定存在的构型是环状的双氢键形式，即水分子与腺嘌呤相互作 用时，同时作为受体和供体与腺嘌呤的氢原子和氮原子形成氢键．其中N…0 卅作用比N--H…0作用更强，二者均为正常的，红移型氢键。同时，也找到 了腺嘌呤与水结合的最优几何位置．然后应用在密度泛函理论和原子键电负性 均衡方法上发展起来的ABEEM模型，同时融合进分子力场中，构建了一个新的 腺嘌呤一水势能模型，对腺嘌呤与水的氢键相互作用进行了研究。我们针对 Adenine-水分子团簇中两种特殊类型的分子间氢键，我们对其静电相互作用进 行了特殊的处理，这将有助于我们进一步地了解氢键的形成过程和本质。研究 结果与可获得的实验数据和从头计算结果相比都显示了很好的一致性，验证了 我们模型的合理性和参数的可靠性。 关键词：从头计算方法；ABEEM模型；电荷分布；腺嘌呤；水合作用 Abstract content：Theinteractionbetween moleculeandwater the biologic solution，especially weakinterationhasbeenofthemost and oneofthemost challengelivingsubjects．As ofthenucleicacid haveattacheduniversia impotantcomponents bases，people totheinterationoftheadeninewiththewater impartance molecule． Inthis havestudiedtheactionalmodeofadeninewithonetosix article，WO H20 moleculesabinitio static of have by method，several adenine—H20complex properties been the structures，the computed，includingoptimized bindingenergy，dipole bond moment，frequency,natureorbital，stabilityand．hydrogenbondingcooperative SOon．Itrevealedthatthe inthe effects，and watermolecule formationof participates with two bondstwo sitesofadenineandactsasa donorand hydrogen adjacent