人鼠间的MicroRNA前体预测.pdfVIP

第 24卷 第 3期 金 陵 科 技 学 院 学 报 v01．24．NO．3 2008年 9月 JOuRNALOFJINLING INSTITUTEOFTECHNOLOGY Sep．，2008 人鼠问的MicroRNA前体预测 杨 嵘 ，一，龚晨光 ，张长青。，王 进 (1．南京大学生命科学学院，江苏 南京 210093；2．南京大学物理系，江苏 南京 210093； 3．金陵科技学院园艺学院，江苏 南京 210038) 摘 要 ：MicroRNA是一类新的基 因表达调控分子 ，在生物体 的分化、发育以及癌症发生 中都起着非常重要 的作 用。应用高灵敏度 的预测方法从人 鼠高度保守的基 因组片段 中识别出 19条新 的MicroRNA前体 ，它们具有在 基因组 中紧密成簇分布的特征 。 关键词：MicroRNA；生物信息学 ；预测 中图分类号 ：Q343．12 文献标识码 ：A 文章编号 ：1672—755X(2008)03—0106—03 PredictionofPre．microRAN betweenHuman andRat YANG Rong ，GONG Chen—guang ，ZHANG Chang—qing ，WANGJin (1．Na@ngUniversity，Nanjing210093，China；2．NanjingUniversity，Nanjing210093，China； 3．JinlingInstituteofTechnology，NaNing210038，China) Abstract：MicroRNA isanew typeofregulatorymoleculesforgeneexpression，whichplaysanim— portantroleindifferentiation，developmentandtumorigenesis．A new methodwasappliedand19 new precursorsofmicroRNA wereidentified from genomesequenceofultrahigh conservation be— tweenhumanandrat． Keywords：M icroRNA；Bioinformatics；prediction MicroRNA (miRNA)是一类长度仅为约 22 道 ，而且数量还在不断增加。到 2008年 5月 ，收入 个碱基的内源性非编码 RNA[，首次发现于 1993 miRNA数据库 miRBase(http：／／microrna．sanger． 年-2J，它们通过与 mRNA 3’一UTR中的靶点结合 ac．uk／sequences／index．shtm1)的总数 已超过 6000 抑制其翻译 ，从而成为一类新 的基 因表达调控分 条 ，物种包括 昆虫类 、蠕虫类、鱼类、两栖动物、鸟 子 。在植物中，miRNA和 mRNA 3’一UTR区的靶 类 、哺乳动物 、植物和动物病毒。最完整的miRNA 点完全配对 ，导致 mRNA的降解 ，功能上非常类似 数据库是 SangerInstitute的miRBase。检测 miR． 于外源性的siRNA；而在动物 中，miRNA绝大多数 NA的常用方法是 Northernblotting，这种方法要 情况下是和mRNA的3’UTR靶点进行不完全配 求知道 miRNA 的序列，但是将表达的 miRNA从 对 。miRNA分子能参与几乎所有的细胞过程 ，其 生物体内克隆出来非常复杂而且效率很低 J。由 强大的生物学功能引起越来越多 的关注。近年来 于 miRNA的表达具有组织特异性和时序性 ，这给 成为研究的一大热点领域。