生物信息学数据库研究进展.pdfVIP

维普资讯 生 物 信 息 学 ChinaJournalofBioinformatics 专 论 与 综 述 生物信息学数据库研究进展 张晓东，张传富，彭科峰，顾文杰，曹立群，王立群 (东北农业大学生命科学学院黑龙江 哈尔滨 150030) 摘要：介绍了生物信息学数据库的研究进展，及几种主要的数据库，并总结了生物信息学，数据库的发展特点及面临的主要问 题。 关键词：生物信息学；数据库；解决方法 中图分类号 ：TP392 文献标识码 ：A 文章编号：1672—5565(2006)一03—143—03 Studyadvancesofbioinformaticsdatabase Z~A_NGXiao—dong，Zg~NGChuan—fu，PENGKe—feng，GUWen—jie，CAOLi—qun，WANGLiqun (5d~oloff seT,lice，Northeast IZun Harbin150030，Ctu；na) Abstract：tllearticleSlllnm3yilx~．advanceofbioinformatlcsdatabaseandrL~omendesveralimportantbio—ir1f0rinaticsdatabase．anditsdevelop- mentctutracterisfic．andanalyes tl1emainproblem oftllebioinformaticsdatabase、 KeyWords：bioinformatics；adtabase；centeforbiotechnologyiiffonnafion 随着生物信息学的发展，生物信息学数据库的 库、日本 国立遗传学研究所 (NationalInstituteofGe． 数量在不断的递增，内部结构也 日趋复杂，其功能也 netics)的日本 DNA数据库 (DDBJ)一起构成了国际 在不断的细化…。数据库种类繁多，分类方法也各 核酸序列数据库合作计划。 有不同 J。依据数据类型来分可分为：核酸序列数 1．1 Genbank 据库、蛋白质序列数据库、三维分子结构数据库。按 Genbank库包含 了所有 已知的核酸序列和蛋白 数据层次来分可以分为：基本数据库、复合数据库、 质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。 二次数据库。按其来源分为原始数据库、衍生数据 它是由美国国立生物技术信息中心 (NCBI)建立和 库、集成数据库和知识数据库。这些数据库已经成 维护的。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验 为分子生物学、生物医药工业 、农业科学和环境科学 室(EMBL)的数据库，和 日本的DNA数据库(DDBJ) 等学科的必不可少的重要成分。 交换数据，使这三个数据库的数据同步。Genbank 的数据可以从NCBI的FrP服务器上免费下载完整 1 核酸数据库 的库，或下载积累的新数据。NCBI还提供广泛的数 据查询、序列相似性有哪些信誉好的足球投注网站以及其它分析服务，用户可 为了更高效的提取信息欧美各国及 日本等国家 以从 NCBI的主页上找到这些服务。 相继成立了生物信息资源和研究中心_3J。美国的国 Gel~bank库里的所有数据记录被划分在若干个 家生物技术信息中心 (NCBI)，它成立于 1988年 11 文件里，如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类，以及 月4日，1992年 1O月开始负责维护 GenBank核酸序