基于基因本体文件XML文档与数据库记录相互转换的初步研究.pdfVIP

农《业网络信息》20l0年第1期 信息资源建设与管理 基于基因本体文件XML文档与数据库记录 相互转换的初步研究 栾德琴 ，-，白云峰 ，包文斌 z，陈国宏z (1．江苏省农业科学院 农业资源与环境研究所 ，江苏 南京 210014；2．扬州大学 动物科学与技术学院，江苏 扬州 225009) 摘 要：分析 了XML与数据库各 自的特点，以及基于基 因本体文件信息互相转换的必要性，以基 因本体文件如何在这两种 格式下进行相互转换为例，探讨 了XML文档与数据库记录的相互转化的具体方法。 关键词：XML；数据库系统；转换 中图分类号：TP311 文献标识码 ：A 文章编码 ：1672—6251(2010)01—0044—04 Preliminary Study on M utualTransformation ofXML Documentand DatabaseRecords Based on Gene Ontology Luan Deqinu，BaiYunfeng1,BaoW enbin，Chen Guohong2 (1．InstituteofAgriculturalResourcesandEnvironment，JiangsuAcademyofAgrieuhuralScience，Nanjing210014，China； 2．CollegeofAnimalScienceandTechnology，YangzhouUniversity，Yangzhou225009，China) Abstract：ThefeaturesofXML and database，and thenecessityofmutualtransformation basedon GeneOntology Document betweenthem werediscussed．AnexamplewastakentodescribethespecificmethodofhowGeneOntologydocumenttransformed betweenthetwofomr ats．Itcontributestothesharingofinfomr ationforthebio—informatics． Keywords：XML；databasesystem；trnasformation Internet时代到来后 ，Web改变 了人们 习惯 的处 l 数据库技术的特点 理方式 ，也给数据库技术提出了一个必须面对的重要 诞生于 20世纪 60年代的数据库技术及其应用系 问题[11，即如何有效地存储和管理Web上 以指数级别 统 ，在经历 了从层次数据库 、网状数据库到关系数据 增长的数据 (文档)，使其既能被高效地操作和维护 ， 库、面 向对象数据库的发展后 ，已成为计算机信息系 又能在Web这个平台上方便地表示和交换。这就使得 统中的重要基础和支柱嗍。其技术上的优势主要表现 已在该传统领域 内趋于成熟的数据库技术面临着许多 为以下几方面：①技术成熟、应用广泛；②数据管理 新的问题和挑战圆。XML可扩展标记语言 (Extensible 能力强 (包括存储、检索、修改等)；③数据安全程度 MarkupLanguage1目前正在成为各种数据特别是文档 高 ；④有稳定可靠的并发访问机制阎。然而 Intemet时 的首选格式 ，具有 良好 的数据存储格式、可扩展性、 代到来 以后 ，Web改变了人们习惯的处理方式 ，也给 高度结构化、便于网络传输等特性 ．这些特性使得 数据库技术提出了一个必须面对的严重挑战 ，如 ：① XML本身非常适用于数据库间的信息交互Pl。以下将分 数据库技术的语义描述能力差 ，很难实现数据语义的 析XML与数据库各 自的特点 ，以及基于基因本体文