偏分离群体遗传图矫正和QTL定位软件包DistortedMap的研制.docVIP

  偏分离群体遗传图矫正和 QTL 定位软件包 DistortedMap 的研制# 谢尚潜1,2，章元明1** 5 10 15 20 25 30 35 40 （1. 南京农业大学农学院作物遗传与种质创新国家重点实验室,南京 210095； 2. 海南医学院信息技术部,海口 571199） 摘要：分子标记偏离孟德尔分离比例（偏分离）是一种普遍的生物学现象，偏分离基因间相 互作用（上位性）现象在作图群体中也比较普遍，并影响遗传图谱构建和数量性状基因座定 位。为解决此为题，我们已提出了相应的遗传分析新方法。为便于应用工作者的使用，在 Microsoft Visual Studio 2010 操作平台下，利用 C#语言研制了 Windows 界面友好的新方法的 DistortedMap 软件包。该软件包具有遗传群体模拟、偏分离群体连锁图矫正和数量性状基因 座定位的功能。 关键词：数量遗传学；偏分离；连锁遗传图；QTL 定位；软件包 中图分类号：Q348 DistortedMap: A software package for linkage group correction and quantitative trait locus mapping Xie Shang-Qian1,2, Zhang Yuan-Ming1 (1. State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, College of Agriculture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095; 2. Department of Information Technology, Hainan Medical College, Haikou 571199) Abstract: Marker segregation distortion is a commonly biological phenomenon. If the distortion is derived from the interaction between segregation distortion loci on the same linkage group, the estimates for both genetic distance between distorted markers and quantitative trait locus parameters may be biased from their true values. To solve this issue, some new methodologies have been proposed in our previous studies. In this study, a new software, named DistortedMap, under the framework of Microsoft Visual Studio 2010 platform and C++ programming language, was developed based on our previous methods. The DistortedMap includes three modules: genetic population simulation, linkage group correction between distorted markers and quantitative trait locus mapping. Key words: quantitative genetics; marker segregation distortion; linkage groups; quantitative trait locus mapping; software 0 引言 遗传连锁图谱构建和基于连锁图谱的数量性状基因座（quantitative trait locus, QTL）定 位是了解生物基因组和相关复杂性状遗传机制的有力工具。作为辅助选择育种和基因图位克 隆等许多应用研究的基础[1,2]，遗传连锁图谱构建和 QTL 定位很好地将理论研究和实际应用 有机结合，从而有效地提高了育种效率，这对作物遗传育种具有十分重要的意义。 在图谱构建和 QTL 定位研究中，分子标记是不可或缺的基本因素之一[3]。可以发现， 基金项目：高等学校博士学位点专项科研基金项目（20100097110035，20120097110023）；教育部新世纪 优秀人才支持计划项目（NCET-05-0489）；