单核苷酸多型性之简介与研究回顾.pdfVIP

單核苷酸多型性之簡介與研究回顧 作者：葉家僖、黃耀廷 關鍵字：基因型（genotype）、單型（haplotype）、連鎖不平衡（linkage disequilibrium）、單核苷酸多型性（single nucleotide polymorphism; SNP） BIOMEDICINE ‧生物醫學期刊網址：/ 生物醫學 2009年第二卷第二期：135-146 單核苷酸多型性之簡介與研究回顧 1 1 葉家僖 、黃耀廷 1國立中正大學資訊工程學系，嘉義，台灣 摘要 人類的基因體包含各種遺傳變異，其中單核苷酸多型性（single nucleotide polymorphism; SNP）是最常被發 現之遺傳變異。單核苷酸多型性上不同之核苷酸，可能會改變蛋白質的形狀，影響基因的調控反應，進而 造成各種遺傳性疾病。利用高通量之微陣列晶片技術，國際單型圖譜計畫（International HapMap Project） 除了完成人類各大族群的單型（haplotype）圖譜，更進一步揭露了單核苷酸多型性之間，有程度不一之 連鎖不平衡（linkage disequilibrium）效應。這些研究成果顯示我們只需鑑定一群具代表性的單核苷酸多 型性，稱為標籤單核苷酸多型性（Tag SNP），即足以偵測出大片段的單型資訊，可改善疾病關聯性分析 （association study）之正確性。然而由於人類染色體為雙倍體，微陣列晶片只能提供基因型（genotype） 資料，並無法提供單型資訊。因此，實際的單型資料仍須仰賴軟體預測而得。近年來，單核苷酸多型性更 被進一步用來偵測，是否有演化力量之介入，以及偵測其他型態之遺傳變異。本文將回顧近期與單核苷酸 多型性相關之研究成果，並將介紹單核苷酸多型性之種類，連鎖不平衡分析、單型預測、以及各種以單核 苷酸多型性為基礎之延伸應用。（生醫 2009;2(2):135-146） 關鍵字 ：基因型（genotype）、單型（haplotype）、連鎖不平衡（linkage disequilibrium）、單核苷酸多型 性（single nucleotide polymorphism; SNP） 前言 polymorphism; SNP）是最常被發現之突變型態1,2 。 單核苷酸多型性是一種在祖先時期產生之單點核 自 從 人 類 基 因 體 計 畫 （ h u m a n g e n o m e 苷酸突變，而帶有新突變核苷酸之個體，與攜帶 project）完成後，我們得到了一份人類的參考基 舊有核苷酸之個體，共同保存在後代族群之中， 因體。但是每個人的基因體與參考基因體仍有所 造成不同人基因體同一位置，會有多種核苷酸之 差異，因此研究人員期望能進一步瞭解，個體之 現象。研究中也指出，單核苷酸多型性可能造成 3 4 間的遺傳變異。個體之間的遺傳變異，包含單點 肥胖症（obesity） 或自閉症（autism） 等遺傳性 之核苷酸突變，到大範圍之結構變異（例如，大 疾病。在一條同源染色體上之單核苷酸多型性