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Parametriclinkageanalysis
andlodscores
SteveHorvath
Depts.ofHumanGeneticsBiostatistics
UCLA
Contents
•thebigpicture:meioticmappingtechniques
•geneticdistancesandgeneticmaps
–mapfunctions
•LOD(logoftheodds)scoreanalysis
–2-pointanalysis
–testingforlinkageweenamarkerandanaffectation
statuslocus
•example:rare,fullypenetrant,dominantMendeliandisease
–moregeneraldiseasemodels
•parametersinparametriclinkageanalysis
–multipointanalysis:algorithmsforLODscores
•significancelevels,thresholdsandfalsepositives
Thebigpicture:
locating(“mapping“)diseasegenes
Meioticmappingallowstoidentify
segmentsthatcontaindiseasegenes
trait1
Reversegenetics:
trait-
trait3
trait2
Mappingispartofthe“positionalcloning“strategy.
•workswellforMendeliandiseases,
•correspondtorare,highlypenetrantdiseasealle
Differentwaysofexpressingthegoalof
genomics
•goal:findstretchesofthatareriskfactorsfora
disease.
•knownasreversegeneticsifyoustartwiththe
phenotype(e.g.affectationstatus)
•aka.positionalcloning(CollinsFS)
–3stepprocedure(adapted)
•firstmeioticmapping(linkage,linkagedisequilibrium)
•second,physicalmapping(includessequencing)
•third,findmutationandverifyfunctionalrole
Differentkindsof
meioticmappingmethods
•parametric(termodel-based)lodscoreanalysis
–
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