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#源代码#将XMLBLAST文件转换为HTML文件格式

Peaker

ProblemDescription

在NCBIBLAST序列比对中，命令行可以产生很多格式的输出文

件，例如intext文本，XML，或HTML等。HTML和Text文本文

件通常作为最常规的文本展示格式而被使用，因为对于普通用户来着，

这两种文件格式更容易操作，内容也更易懂。而反过来，XML文件虽

然不如前两种流行，但同样非常有用，因为它是一个非常容易被各种

程序解析和识别的结构文件格式。

有的时候我们有必要将XML和HTML作为输出文件导出，XML

通常用于操作，而HTML文件则用于上传或到publicwebsite。

当前NCBIBLAST只支持输出一种格式，要么XML要么HTML。所

以如果你运行多个BLAST的时候，你就知道它有多耗时了。那么为了

得到XML和HTML文件，而将BLAST运行两次，呵呵，这个想法也

仅仅是想法而已了，时间上通常是不划算的。

尽管如此，还是有一些方法可以达到这一目的。其中一个就是利

用Python，解析XML文件，然后利用NCBIXMLparser解析器

进行解读，最后写入HTML文件。

XMLtoHTMLwithoutBiopythonCommentedSourceCode

＃源代码＃xmlblast文件转换为html文件格式

峰值

问题描述

在ncbiblast序列比对中，命令行可以产生很多格式的输出文，

例如纯文本文本，xml，或html等。html和文本文本文文本文本文，

因为对于普通用户来着，这两种文件格式更容易操作，内容也更易懂。

而反过来，内容也更易懂。而反过来，xml文件虽，x，但同样非常有

用，但同样非常有用，但同样非常有用

有的时候我们有必要将XMl和html作为输出文件导出，XML通常

用于操作，而html文件则用于上传或到html文件则用于上传

或到公共。ncbiblast只支持输出一种格式，要么xml要么

xml要么htmlhtmlhtmlblastthimblast的时候，你就知道它有多

耗时了。那么为了xmlxmlxml和xmlhtmlhtmlhtmlhtmlhtml

html文件

尽管如此，还是有一些方法可以达到这一目的。其中一个就是利

python，解析xml文件，然后利用ncbixmlparser解析器解析

器，最后写入html文件。

XML到HTML没有生物thon评论的源代码

上面这种方法并没有借助Biopython，在运算时常上消耗很大，因

为将XML数据在空列表中的时候必须要占用大量的RAM内存，

因此对计算机要求很高，我们再来尝试一