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利用多组学分析揭示鸡沙壳蛋形成机制

目录

文档简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1.1鸡蛋壳颜色多样性与研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.1.2沙壳蛋的独特性与经济价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

1.1.3多组学技术在生命科学研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

1.2国内外研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

1.2.1鸡蛋壳颜色形成机制研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

1.2.2影响鸡蛋壳颜色的因素．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

1.2.3多组学技术在蛋品研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

1.3.1研究目标．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

1.3.2研究内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

1.4技术路线与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

1.4.1实验动物与材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

1.4.2多组学分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

1.4.3数据分析与解读．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

2.1试验动物与分组．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

2.1.1试验动物选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

2.1.2动物分组与饲养．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

2.2样本采集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

2.2.1鸡蛋采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

2.2.2蛋壳样品制备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

2.2.3生物样品处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

2.3分组学分析技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

2.3.1基因组测序与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49

2.3.2蛋白组测序与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

2.3.3转录组测序与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54

2.3.4表观基因组分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55

2.4数据质控与分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56

2.4.1数据质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．57

2.4.2生物信息学分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．60

2.4.3差异表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．61

结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62

3.1鸡沙壳蛋与正常蛋的形态学特征比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．65

3.1.1蛋壳颜色差异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．70

3.1.2蛋壳微观结构差异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．72

3.2基因组分析结果．．．．．．．．