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#数据库#GEO数据框架

Joyo

NCBI的GEO数据库是一个非常强大的高通量数据集合，它综合了大量的数据和

二代数据，供全球科研工作做免费使用。我们简单介绍一下GEO的数据框架，如下图

所示：

GEOdataorganization包括5个部分：

1)platform检测平台：A-对或仪的文本描述；B-对探针的tab间隔的表格注

释。

2)samples样本：C-样本的文本注释，包括组织，疾病状态，检测平台等；D-预处理过的

样本数据，tab间隔的表格；E-样本的原始数据。

3)series格式为Gxx：F-实验整体设计描述；G-该series预处理过的数据或者原始数据。

4)DataSet格式为GDSxxx，不同于series的是DataSet是由GEO工作人员经权衡把几组

可以比较的series合并构成：H。

5)Profile,来自于DataSet，记录一个gene在所有样本中的表达量：I。

说了那么多，貌似很复杂。其实我们用GEO数据库时一般在seriselevel,也就是Gxx。

大家在使用GEO犯晕时可参见。