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金耳中SSR分子标记的开发和指纹编码构建方法

目录

内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2SSR分子标记技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.3金耳中研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.1实验材料准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.1.1植物样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.1.2DNA提取方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.2分子标记开发．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.2.1SSR引物设计原则．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

2.2.2SSR引物合成与筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

2.3指纹图谱构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

2.3.1电泳条件优化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

2.3.2指纹图谱分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

SSR分子标记的开发．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.1引物设计策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

3.1.1引物长度选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.1.2引物特异性要求．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.2引物合成与验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.2.1引物合成流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

3.2.2引物纯度与浓度检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

3.3引物筛选与优化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

3.3.1初步筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

3.3.2特异性与多态性评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

SSR分子标记的指纹编码构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

4.1指纹图谱构建方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

4.1.1聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

4.1.2银染法与荧光染色法比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

4.2指纹图谱分析软件应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

4.2.1图像获取与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

4.2.2数据分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

4.3指纹图谱质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

4.3.1重复性检验．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47

4.3.2稳定性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47

实验结果与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48

5.1开发过程中的关键发现．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

5.2指纹图谱的多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．