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柠檬草叶绿体基因组密码子使用偏好研究
目录
柠檬草叶绿体基因组密码子使用偏好研究（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
一、文档综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
研究背景及意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1柠檬草的研究价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.2叶绿体基因组学的研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.3密码子使用偏好研究的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
研究目的与任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.1明确柠檬草叶绿体基因组的密码子使用特征．．．．．．．．．．．．．．．．11
2.2分析密码子偏好对基因表达的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.3为柠檬草遗传改良和分子生物学研究提供基础数据．．．．．．．．．．13
二、研究方法与材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
研究材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
1.1柠檬草种质资源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
1.2叶绿体基因组序列．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
2.1基因组序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
2.2密码子使用偏好分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
2.3基因表达水平分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
三、柠檬草叶绿体基因组概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
基因组基本特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
1.1基因组大小与结构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
1.2基因组成与分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
基因组进化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
2.1与其他植物叶绿体基因组的比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
2.2柠檬草叶绿体基因组的进化特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
四、密码子使用偏好分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
密码子使用概况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
1.1密码子的使用频率与偏好性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
1.2同义密码子的使用偏好．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
偏好成因探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
2.1基因突变与修复机制的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
2.2自然选择对密码子使用偏好的作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
2.3基因表达水平的调控机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
柠檬草叶绿体基因组密码子使用偏好研究（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．47
一、内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
（一）研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
（二）研究目的与内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
（一）实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
（二）实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．
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