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临床神经外科杂志2025年2月第22卷第1期39
D01:10.3969/j.issn.1672-7770.2025.01.009·论著·
胶质母细胞瘤早期复发和假性进展的癌症免疫
差异表达基因分析及活性化合物预测
孙瑞,赵梦洁,唐祥龙,李泰平,肖红
【摘要】目的对早期复发和假性进展胶质母细胞瘤的癌症免疫差异基因进行研究分析并预测活性化
合物。方法在高通量基因表达(GEO)数据库中选择GSE231994数据集作为主要分析对象,筛选二次手术
后早期复发和假性进展病例样本之间的免疫相关差异基因,进行基因本体论(GO)生物过程(BP)和京都基因
与基因组百科全书(KEGG)分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,获得枢纽基因。应用TCMSP计算
系统生物学实验室平台数据库预测可能有效的活性化合物,并在CB-Dock2服务器进行分子对接实验。结果
GSE231994数据集筛选得到140差异表达基因,其中上调基因50个,下调基因90个,其中核心基因有IL1B、
IL10、CXCL8、EGFR、TLR2、CD68、CXCR4、ITGB2、CD163和CSF1R,主要参与炎症反应、信号转导和免疫反应生
物过程,以及富集于癌症途径、细胞因子-细胞因子受体相互作用和PI3K/Akt信号通路。根据度值选取前三
个基因,通过TCMSP平台预测得到皮素可能为有效化合物。对接结果显示皮素与ILIB具有更好的结合
能力。结论通过生物信息手段分析揭示免疫表达基因ILIB、IL10和CXCL8与胶质母细胞瘤早期复发和假
性进展有着密切的关系,而皮素可作为干预的有效活性化合物。
【关键词】早期复发;假性进展;胶质母细胞瘤;生物信息学;差异基因
【中图分类号】R739.41【文献标志码】A【文章编号】1672-7770(2025)01-0039-08
Analysisofcancer-immunedifferentiallyexpressedgenesandpredictionofactivecompoundsin
progressionandpseudo-progressionofglioblastomaSUNRui,ZHAOMengjie,TANGXianglong,
LITaiping,XIAOHong.CollegeofPharmacy,NanjingMedicalUniversity,Nanjing211166,China
Correspondingauthors:LITaiping,XIAOHong
Abstract:ObjectiveTostudyandanalyzecancer-immunedifferentiallyexpressedgenesin
progressionandpseudo-progressionglioblastoma,andpredictactivecompounds.MethodsThe
GSE231994datasetwasselectedasthemainanalysisdatasetintheGeneExpressionOmnibus
(GEO)database,andimmunerelateddifferentiallyexpressedgeneswerescreenedbetweensamples
ofprogressionandpseudo-progressioncasesaftersecondarysurgery.BiologicalProcess(BP)of
GeneOntology(GO),andKyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)analyseswere
performedtoconstructaprotein-proteininteraction(PPI)networkandobtainhubgenes.The
TCMSPplatformwasappliedtopredictpotentiallyactivecompounds,andmoleculardo
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