生物信息学完.docVIP

中国科学技术大学

2007--2008学年第1学期考试试卷

考试科目:生物信息学得分:__________

学生所在系:___________姓名:__________学号:___________

一、单项选择题(每题3分，共30分)

1.下面哪个数据库不属于核酸的三大数据库之一()

A．GenBankB.EBIC.UniProtD.DDBJ

2.下面哪种算法为双序列比对全局优化算法()

A.Smith-Waterman算法B.GibbsSampler

C.HiddenMarkovModel算法D.Needleman-Wunsch算法

3.下面哪种工具为多序列比对工具()

A.MegaBlastB.MEGAC.GPSD.POA

4.双序列比对中，全局与局部的优化算法，其核心思想是()

利用已知数据作为训练集，利用迭代的算法进行反复计算，使得结果收敛；

根据已知数据，构建PSSM矩阵，再计算Log-oddratio；

采用动态规划算法，计算最优路径,并以此得到比对结果；

采用邻接法构建进化树，在进化树的指导下进行双序列比对。

5.下面何种描述适合Baum-Welch算法()

A.双序列比对的局部优化算法；B.Motif发现的方法之一

C.对已知的训练数据，采用Viterbi算法计算最佳路径，并重新计算转移概率矩阵，反复计算直至结果收敛，得到优化的HMM模型；

D.对已知的训练数据，采用Smith-Waterman算法计算最佳路径，并重新计算转移概率矩阵，反复计算直至结果收敛，得到优化的HMM模型；

6.实验学家在大肠杆菌中发现某种基因A，具有重要的转录调控功能，通过ReciprocalBestHits的方法，实验学家用BLAST发现在人中基因B为基因A的高度相似基因。那么，人中基因A与基因B的关系为()

A．旁系同源物B.趋同进化C.直系同源物D.异同源物

7.下面不属于多序列比对的算法有()

A.最大简约法B.渐进方法C.迭代方法D.部分有向图法

8.下面基于氨基酸的替代模型并进行距离修整的模型有()

A.Jukes-Cantor法B.Kimura两参数法

C.泊松校正D.Nei-Gojobori法

9.下面不属于构建进化树的方法有()

A.最大似然性法B.最大简约法

C．距离法D.点阵法

10.已知密码子CCT,CCC,CCA,CCG都编码Pro(脯氨酸)，并且仅该四个密码子都编码Pro。对于密码子CCC，其潜在的同义位点数目s与非同义位点数目n为

()

A．s=1/3,n=8/3B.s=1,n=2

C.s=1/4,n=11/4D.s=1,n=8/3

二、判断题(每题2分，共20分)

PAM250矩阵的构建，其基本假设为当序列变化发生期望上的250%的变化时，氨基酸之间替代的关系，因此，Dayhoff等人选择序列相似性极低的序列，以此构建了通用的PAM250矩阵()

我们通常使用UniProt数据库来查找基因的DNA序列，并得到序列的FASTA格式()

BLAST采用了一种称为“k-tup”的算法，有哪些信誉好的足球投注网站两条序列的对角线两边有限的空间，因此大大节省了计算时间()

4.MUSCLE是目前被广泛应用的多序列比对工具，其优越性为采用部分有向图的算法，从而使得运算的时间复杂度大为降低