lammps各种命令讲解.docx

文档来源为 : 文档来源为 :从网络收集整理 .word 版本可编辑 .欢迎下载支持 . PAGE PAGE 10 作者: 御剑江湖 收录日期 : 2011-03-31 发布日期 : 2011-03-24 Commands 描述了 lammps 输入文件的格式和在定义 lammps 模拟所需要的命令 . LAMMPS input script 我们用 lammps 做分子动力学模拟 , 需要一个输入文件 . lammps 在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令 . 大多数情况 , lammps 输入文件中各个命令的顺序并不是很重要 . 但是你要注意以下几点 : lammps 并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的 , 或者说 , 每条命令在它被读入之后就会起作用了 . 注意 , 下面两组命令的执行效果是不相同的 . timestep 0.5 run 100 run 100 和 run 100 timestep 0.5 run 100 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效 . 例如如果你要设定一组原子的温度 , 那么用 group 命令定义哪些原子属于这个组才行 . 还有一种情况就是 : 命令 B 要用到命 A 设置的一些数值 , 这样你也不能颠倒这两个命令的顺序 . 每个命令的详细介绍中的 Restrictions 部分会说明要使用该命令定义的时候哪些命令必须要被预先定义 . 如果你的输入文件书写的格式有问题 , lammps 在执行的时候会提示 ERROR 或者 WARNING , 出现类似信息时 , 你可以到手册的第九章中查询原因 . Parsing rules 输入文件中的每一非空行都被认为是一条命令 . lammps 中命令的书写是对大小写敏感的 , 不过一般的命令和参数都是小写的 , 大写字母用于极少数的情况 . 命令行后的 表示这一行跟下一行是同一条命令 . 这一点跟 FORTRAN 很 像. 命令行最开始的 # 表示这一行在执行过程中被忽略 , 你可以用它来写注释 . $ 是跟声明变量有关系的 , 我暂时还没用到过 , 具体请参阅 variable 命令的详细介绍 . 命令行被 tabs, spaces 间隔成各个 “words ”, 注意这里的 “words ”可以包含字母、数字、下划线、或标点符号 . 一行中第一个词是命令名 , 后续的词是相关的参数 . 双引号内的文字空格被整体地当作一个参数 , 其中的 # 或 $ 就没有前面说的作用了 . Input script structure lammps 的输入文件一般分为 4个部分 Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation 后面的两个部分可以按照需要多次重复 . Remember that almost all the commands need only be used if a non-default value is desired. Initialization 在你的 模拟 体系 定义 之前 , 一些参 数必 须要 被设 置 . 相关 的命 令有 :units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify. units: 选择单位系统 , lammps 提供了 lj 、real 、metal 三种单位系统 dimension: 2d 模拟还是 3d 模拟 , 默认是 3d boundary: 边界条件：周期性边界 or 自由边界 atom_style: 定义你的模拟体系中的原子属性 , 注意这个 style 要区分后面设置力场参数时命令里提到的 atom type 还有 , 这些命令告诉 lammps 在你的模拟中使用何种力场 : pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style, improper_style. Atom definition lammps 提供 3种方式定义原子 : ① 通过 read_data 或 read_restart 命令从 data 或 restart 文件读入 , 这些文件可 以包含分子拓扑结构信息 . ② 按照晶格的方式创建原子 (不包含分子拓扑信息 ), 你会用到这几个命令 : lattice, region, create_box, create_atoms. ③ 已经设置好的原子可以用 replicate 命令复制以生成一个更大规模的模拟体系 . (3)Settings 原子和分子的拓扑信息定义好后 , 你要制定一系列