水稻苗期高温关键候选位点鉴定.pdf

符号说明 BP ：Biological process ，生物过程 CC：Cellular component ，细胞成分 cDNA ：complementary DNA ，互补脱氧核糖核酸 CDS ：Coding sequence ，编码区 CIM：Composite interval mapping ，复合区间作图法 DEGs ：Differential expressed genes ，差异表达基因 DEPC ：Diethyl pyrocarbonate ，焦碳酸二乙酯 DW ：Dry weight ，干重 EMMAX ：Efficient mixed model association eXpedited ，高效混合关联模型 FPKM ：Fragments per kilobase million ，表达量 FW ：Fresh weight ，鲜重 GO ：Gene ontology ，基因本体论 GWAS ：Genome-wide association analysis ，全基因组关联分析 KEGG ：Kyoto encyclopedia of genes and genomes ，京都基因与基因组百科全书 LD ：Linkage disequilibrium ，连锁不平衡 MAF ：Minimum allele frequency ，最小等位基因频率 MAPK ：Mitogen-activated protein kinase ，促分裂素原活化蛋白激酶 MF ：Molecular function ，分子作用 QTL：Quantitative trait locus ，数量性状位点 RFLP ：Restriction fragment length polymorphism ，限制性片段长度多态性 RNA_seq ：Ribonucleic acid sequencing ，转录组测序 RILs ：Recombinant inbred lines ，重组自交系 SL：Shoot length，株高 SMA：Single marker analysis，单标记分析法 SNP：Single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性 SR ：Survival rate，存活率 SSR：Simple sequence repeats，简单重复序列 目 录 中文摘要 I 英文摘要 III 1 前 言1 1.1 植物耐热性的研究进展 1 1.1.1 高温胁迫对植物的危害 1 1.1.2 植物耐高温机制2 1.1.3 高温对水稻的影响3 1.2 挖掘控制数量性状位点的方法4 1.2.1 利用重组自交系进行连锁分析5 1.2.2 对自然群体进行的关联分析6 1.2.3 RNA_seq 分析8 1.2.4 联合分析的应用 10 1.3 研究内容 11 1.4 研究目的意义 11 2 材料与方法 11 2.1 试验材料 11 2.2 试验方法 12 2.3 数据统计分析 13 2.3.1 表型数据分析 13 2.3.2 连锁分析 13 2.3.3 关联分析 14 2.3.4 转录组分析 14 3 结果与分析 15 3.1 RIL 和自然籼稻群体生物量性状表型分析 15 3.1.1 性状数据分析 15 3.1.2 相关性分析 17 3.2 对重组自交系材料进行连锁分析 18 3.3 对自然籼稻群体材料进行关联分析20 3.4 关联分析与连锁分析联合作图26 3.5 结合转录组分析整合水稻苗期响应高温胁迫候选基因27 4 讨论29 4.1 连锁作图与关联作图整合29 4.2 Ugp1 有利单倍型的鉴定30 4.3 基于连锁分析、关联分析和转录组分析实现的候选基因的鉴定30 5 结论31 6 参考文献32 7 附录39 8 致谢49 山东农业大学硕士专业学位论文 中文摘要 作物在不同生长发育时期对环境温度有不同的要求。在作物生长发育时期内，满 足其生长的温度条件存在一定范围，超过或不足该作