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Towards a Paradigm Shift in Biology The new paradigm, now emerging, is that all “genes” will be known (in the sense of being resident in databases available electronically), and that the starting point of a biological investigation will be theoretical. An individual scientist will begin with a theoretical conjecture, only then turning to experiments to follow or to test that hypothesis. /kech/swxxx/ 华农主页－南湖教苑－精品课程－国家精品课程－2007年国家精品课程－生物信息学 了解各种生物数据库 掌握利用Internet上的各种数据库、软件，查找生物相关信息，分析和解释各种生物数据。 学习本课程的目的 Sequence analysis Genome annotation Analysis of gene expression Analysis of regulation Prediction of protein structure Comparative genomics 参考教材 David W. Mount. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. (2nd edition) New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. 钟扬等译，生物信息学（第一版），高等教育出版社，2003。 参考教材 周艳红、王石平，生物信息学，高等教育出版社，2007。 A. D. Boxevanis and B. F. F. Ouellette. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. (3rd edition) New York: Wile-Interscience, 2004. 教学网站 获取课件（仅限校园网内） ——提取文件——提取码：bioinf 第一章 生物信息学的发展和研究内容 (上机操作) 生物信息学 上机操作 初步了解Internet上的数据库和分析工具 自学课程 /education http://www.ebi.ac.uk/2can/home.html /nar/database/c/ 上机操作 浏览本年度NAR数据库专刊的数据库列表 Sequences (DNA, protein) Genomics Mutation/polymorphism Protein domain/family Proteomics (2D gel, Mass Spectrometry) 3D structure Metabolic networks Regulatory networks Bibliography Expression (Microarrays,…) Specialized 在NAR数据库列表中选取一个自己感兴趣的数据库 任务一：亲自试用所选数据库，然后文字介绍数据库并简要评论，说明该数据库可能会为你解决什么样的生物问题。 任务二：将上述内容制作成约5-10页PPT，向他人介绍你选择的数据库。 上机操作 格式如下： 标题：标题应为简明易懂的一句介绍，比如上图的数据库，可以写：AnimalTFDB: 动物转录因子数据库 标签：选择该数据库的分类，可多选 内容包括：英文原文Title、Authors、Abstract、期刊期号及页码，然后是你翻译的摘要或撰写的中文介绍，最后是评论 上机操作 第一章 生物信息学的发展和研究内容 (I) 生物信息学 1、什么是生物信息学？ 生物信息学是信息科学领域和生命科学领域的一门新兴的、应用型交叉学科。 以计算机为主要工具，以大量生物数据库和分析软件为基础 采用数理和信息科学的理论、技术和方法，分析生物学数据，研究生命现象的一门科学 为人类揭示生命的奥秘提供了一条新的途径 依赖于因特网 Watson and Crick DNA model Sanger sequences insulin protein Sanger dideoxy DNA sequencing PCR (Polymerase Chain Reactio