全基因组预测樟疫霉的候选效应分子.PDFVIP

第３９卷　 第２期 南京林业大学学报（自然科学版） Ｖｏｌ．３９，Ｎｏ．２ ２０１５年３月 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎａｎｊｉｎｇ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ （Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｅｄｉｔｉｏｎ） Ｍａｒ．，２０１５ － ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１０００ ２００６．２０１５．０２．０１２ 全基因组预测樟疫霉的候选效应分子 韩长志 （西南林业大学林学院，云南省森林灾害预警与控制重点实验室，云南　 昆明　 ６５０２２４） 摘要：为了更好地研究樟疫霉的致病机制及防治方法，笔者基于病原菌效应分子具有的典型特征，利用ＳｉｇｎａｌＰ、 ＰｒｏｔＣｏｍｐ、ＴＭＨＭＭ、ｂｉｇ⁃ＰＩ Ｆｕｎｇａｌ Ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ和ＴａｒｇｅｔＰ 等生物信息学预测程序对樟疫霉中３２８４５７ 条蛋白质序列 进行候选效应分子找寻，发现该菌含有３４３９ 个小分子分泌蛋白，同时，对上述蛋白进行冗余性、半胱氨酸数量 以及信号肽长度等性质进行分析。 结果表明：上述分泌蛋白中存在较多的冗余性蛋白，所占比例为５０％以上，并 以含有１～１０个半胱氨酸、１７～２６个氨基酸信号肽的分泌蛋白居多。 另外，利用卵菌中效应分子所具有的保守 基序ＲＸＬＲ，对拥有唯一氨基酸序列的１５４９ 个分泌蛋白进行基序找寻，明确樟疫霉中存在 １６０ 个候选效应分 子。 通过上述生物信息学分析方法可实现樟疫霉候选效应分子的预测。 关键词：樟疫霉；候选效应分子；全基因组；分泌蛋白 － － － 中图分类号：Ｓ７６３　 　 　 　 　 　 　 　 文献标志码：Ａ 文章编号：１０００ ２００６（２０１５）０２ ００６９ ０６ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｆｏｒ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｅｆｆｅｃｔｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｆｒｏｍＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ ｃｉｎｎａｍｏｍｉ ｇｅｎｏｍｅ ＨＡＮ Ｃｈａｎｇｚｈｉ （Ｔｈｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔ Ｄｉｓａｓｔｅｒ Ｗａｒｎｉｎｇ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ Ｙｕｎｎａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ，Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ， Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０２２４，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ ｃｉｎｎａｍｏｍｉｃａｎｄｅｖａｓｔａｔｅｔｈｅｉｍｐｏｒｔａｎｔｆｏｏｄｃｒｏｐｓａｎｄｌａｕｒａｃｅａｅｐｌａｎｔｓ，ａｎｄｃａｕｓｅｓｅｒｉｏｕｓｈａｒｍ ｉｎｍａｎｙｃｏｕｎｔｒｉｅｓ．ＴｏｓｔｕｄｙｔｈｅｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓａｎｄｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎｍｅｔｈｏｄｓｏｆＰｈ． ｃｉｎｎａｍｏｍｉ，ｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｔｙｐｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｏｆ ｔｈｅ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｅｆｆｅｃｔｏｒ，ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｅｆｆｅｃｔｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎｓｗｅｒｅ ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｆｒｏｍ３２８４５７ ｐｒｏｔｅｉｎｓｉｎＰｈ． ｃｉｎｎａｍｏｍｉｕｓｉｎｇｔｈｅｐｒｅ⁃ ｄｉｃｔｉｏｎ ｐｒｏｇｒａｍｓｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ＳｉｇｎａｌＰ，ＰｒｏｔＣｏｍｐ，ＴＭＨＭＭ，ｂｉｇ⁃ＰＩＦｕｎｇａｌＰｒｅｄｉｃｔｏｒ ａｎｄＴａｒｇｅｔＰ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔ － ３４３９ ｓｅｃｒｅｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎｓｗｅｒｅｆｏｕｎｄｗｉｔｈｔｈｅ５０ ３００ａａｉｎｌｅｎｇｔｈｏｆａｍｉｎｏａｃｉｄｓ，ａｎｄｔｈｅｎｕｍｂｅｒｏｆｃｙｓｔｅｉｎｅ⁃ｒ