大型机使用手册培训课件.pptVIP

八作业提交 PBS指令 – 在脚本中以“#PBS”开头 #PBS -N jobname　 可选设置，作业名 #PBS –S /bin/bash 指定PBS的Shell为bash #PBS -P project number 必需设置，作业项目号，P+９位数字 # PBS -q queue 必须设置，队列名，Regular, Economy, Longtime (注意: 队列名大小写敏感) #PBS -l nodes=N:ppn=M 必须设置，N:节点数, M:每个节点核数 #PBS -l walltime=hh:nn:mm 可选设置，墙钟限制，不同队列，墙钟限制不一样，最长２４小时 精品文档 八作业提交 #PBS -M me@eartch 可选设置，作业报告发送电子邮件地址 #PBS -m bea 可选设置，作业报告发送状态，b – 开始，e – 结束， a – 中止 #PBS –V 可选设置，复制用户环境变量 #PBS -o jobname.out 可选设置，标准输出输出文件 #PBS -e jobname.err 可选设置，标准错误输出文件 注：注释PBS指令，在指令前再加一个“＃”，例如：##PBS –V 　　PBS指令也可以通过命令行方式提供，不放到脚本中，指令前不需要加“＃PBS” 　　例如：qsub -n helloworld -P P123456789 -l nodes=2:ppn=12 -l walltime=00:05:00 -q Regular job.sh 精品文档 八作业提交 变 量 名 说 明 登陆SHELL继承来的变量 包括$HOME，$LANG，$LOGNAME，$PATH，$MAIL，$SHELL和$TZ。 $PBS_O_HOST qsub提交的节点名称 $PBS_O_QUEUE qsub提交的作业的最初队列名称 $PBS_O_WORKDIR qsub提交的作业的绝对路径 $PBS_JOBID 作业被PBS系统指定的作业号 $PBS_JOBNAME 用户指定的作业名 $PBS_NODEFILE PBS系统指定的作业运行的节点名 $PBS_QUEUE PBS脚本在执行时的队列名 2. PBS的环境变量 精品文档 大型机使用手册 精品文档 快速使用指南 用户软件环境加载 可加载的软件环境列表可以在命令行使用下面的命令获取或查看本手册后续部分 module avail 由用户根据自己使用的shell在下列文件中通过 module load / unload命令来加载/卸载自己所需要的运行环境 .bash_profile/.bashrc （bash shell ) .cshrc/.tcshrc (csh / tcsh) .kshrc (ksh) 可以在命令行使用下面的命令，获取自己使用的的shell 信息 echo $0 示例 shell为bash，希望登录后自动加载mvapich2, ncl, netcdf, grads等的软件环境信息，则把下列命令添加到~/.bashrc中 module load mvapich2 netcdf ncl GrADS 精品文档 快速使用指南 加载注意事项 编译器模块必须第一个加载 如需要的环境与系统缺省设置不一致，先用下面命令清除，再加载需要的环境 module purge 加载编译器后，再加载其他的应用模块 有依赖关系的模块，在加载时需要注意先后顺序，例如 ncl/6.1.2依赖hdf5/1.8.11, netcdf/4.3.0 netcdf/4.3.0依赖hdf5/1.8.11 其加载顺序为 module load hdf5/1.8.11 netcdf/4.3.0 ncl/6.1.2 加载缺省版本模块时，可以不用指明版本号 可通过env命令来查看模块加载后进行的相关设置，例如，模块的安装位置，有关的环境变量设置等 精品文档 快速使用指南 PBS脚本设置 以下PBS指令为必需指令 #PBS –P project_no (项目号) #PBS -q queue_name 　 (队列名) #PBS -l walltime=hh:nn:mm　(墙钟限制） PBS脚本中MPI程序运行方式 mpirun -np nproc my_mpi_app.exe 注意： 1. 不需要指定--hostfile 参数 2. 现在启用了墙钟限制，脚本有可能需要根据相应的墙钟限制进行调整，避免由超时造成强制中断而的问题 示例脚本在　/nuist/p/public/app/scripts