副猪嗜血杆菌中毒素蛋白基因hipA的生物信息学分析.PDFVIP

中国农学通报 2016,32(2): 1-4 Chinese Agricultural Science Bulletin 副猪嗜血杆菌中毒素蛋白基因hipA的生物信息学分析 车勇良，陈如敬，王隆柏，吴学敏，刘玉涛，王晨燕，周伦江 （福建省农业科学院畜牧兽医研究所/福建省畜禽疫病防治工程技术研究中心，福州350013） 摘 要：为预测毒素蛋白HipA 的二级结构和B 细胞抗原表位，首先从GenBank 中查找副猪嗜血杆菌毒素 蛋白基因hipA 的序列，应用生物信息学方法，对副猪嗜血杆菌毒素蛋白HipA 的理化性质、二级结构和B 细胞抗原表位进行预测。结果显示，HipA 蛋白的理论等电点为7.23 ，前50 个氨基酸为信号肽，二级结构 的预测结果显示该酶主要以α螺旋、无规则卷曲和延伸链为主，只有少数的β转角；推测该蛋白有17 个B 细胞优势抗原表位区域。该研究为进一步研究分析副猪嗜血杆菌毒素蛋白HipA 的功能奠定理论基础。 关键词：副猪嗜血杆菌；毒素蛋白；HipA 蛋白；生物信息学 中图分类号：S852.612 文献标志码：A 论文编号：cas BioinformaticAnalysisofToxinProteinGenehipAfromHaemophilusparasuis CheYongliang,ChenRujing,WangLongbai,WuXuemin,LiuYutao,WangChenyan,ZhouLunjiang (InstituteofAnimalHusbandryandVeterinaryMedicine,FujianAcademyofAgriculturalSciences/ FujianAnimalDiseasesControlTechnologyDevelopmentCenter,Fuzhou350013) Abstract:TheaimofthisstudywastopredictsecondarystructureandB-cellepitopesoftoxinproteinHipAof Haemophilusparasuis.ThehipAgenesequencewassearchedfromGenBank.Byusingbioinformaticsmethods, thephysicochemicalproperty,thesecondarystructureandB-cellepitopeofHipAproteinwerepredicted.The resultsshowedthattheIPofHipAwas7.23andthefirst50aminoacidswassignalpeptide.UsingtheSOPMA method,predictionofthesecondarystructureoftheHipAshowedthat α-helix,randomcoilsandextended strandwerethemainstructuraltypesoftheflexibleregioninsecondarystructure,andtherewasasmall amountofβ-turn.TheHipAproteinwassupposedtocontain 17 potentialantigenepitopes.Theseresults providedatheoreticalbasisforafurtherstudyofthetoxinprotein(HipA)fromHaemophilusparasuis. Keywords:Haemophilusparasuis;toxinprotein;HipAprotein;bioinformatics 0 引言 把已知的15 个血清型Hps 菌株分为高毒力血清型菌 副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis, Hps)是猪的 株、中等毒力血清型菌株和无毒血清型菌株。其中高 一种条件性致病菌，主要引起保育猪和青年猪的脑膜