SLAF-seq技术与其应用研究进展.PDF

云南大学学报（自然科学版），２０１５，３７（Ｓ１）：８７～９１ ＤＯＩ：１０．７５４０／ｊ．ｙｎｕ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｙｕｎｎａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ∗ － ＳＬＡＦ ｓｅｑ技术及其应用研究进展 １，２ １ 蔡超男 ，李巧明 （１．中国科学院西双版纳热带植物园热带森林生态学重点实验室，云南 昆明　 ６５０２２３； ２．中国科学院大学，北京　 １０００４９） － 摘要：Ｓｐｅｃｉｆｉｃｌｅｎｇｔｈａｍｐｌｉｆｉｅｄｆｒａｇｍｅｎｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ （ＳＬＡＦ ｓｅｑ）技术是以二代测序为基础的一种简化基因组 测序技术，该技术在群体进化研究、遗传图谱的构建、ＱＴＬ定位、大规模群体的全基因组关联分析等研究中发挥 － 着重要作用．作者主要介绍了ＳＬＡＦ ｓｅｑ 的技术原理及其应用的研究进展． － 关键词：ＳＬＡＦ ｓｅｑ技术；ＳＮＰ；基因组；遗传图谱；ＱＴＬ － － － 中图分类号：Ｑ３３１　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：０２５８ ７９７１（２０１５）Ｓ１ ００８７ ０５ 　 　 ＤＮＡ测序技术的更新推动着生物学领域的发 期目标，接着以高通量测序技术进行测序，对测序 展，二代测序技术的出现有助于高通量的开发ＳＮＰ 获得的大量序列，利用ＳＬＡＦ＿Ｐｏｌｙ．ｐｌ．（北京百迈客 标记．二代测序技术因其具有成本低、通量高的特 公司）软件进行数据分析，然后利用相关的软件进 点，目前已经被广泛地应用于基因组学的研究中， 行序列比对，获得大量特异的ＤＮＡ片段，最后依据 ［１］ ［５］ 并产生了一些重要影响 ．二代测序技术目前主要 其序列开发出特异的分子标记 ．该技术的优点在 是以Ｒｏｃｈｅ／ ４５４ 焦磷酸测序、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／ Ｓｏｌｅｘａ 聚合 于：①深度测序保证基因分型的准确性；②简化策 酶合成测序以及ＡＢＩ／ ＳＯＬＩＤ连接酶测序为代表的 略降低了测序成本；③前期简化方案预测保障标记 － ［２ ３］ 测序技术 ．与一代测序技术相比，二代测序技术 数量最优；④采用双条形码技术适用于大群体；⑤ ［４］ 一次运行产出的序列数据量大 ．因此，二代测序 在很大程度上减少了实验周期．由于具有高通量的 技术的发展更有利于人们以更廉价的价格，快捷、 特点，单次测序就能够产生大量的标记，极大地缩 全面地在基因组范围内进行研究． ［８］ 短了实验周期 ．该技术已成功用于高密度遗传图 － 特异长度扩增片段测序技术即 ＳＬＡＦ