弧菌分类鉴定的进展【文献综述】.docVIP

毕业论文文献综述 生物工程 弧菌分类鉴定的进展 摘要：弧菌是一类水生环境中广泛存在的革兰氏阴性菌，是很多生物体的致病菌。随着分子生物学的发展，弧菌分类鉴定的方法越来越多，也越来越深入，本文通过对现有的弧菌的分类鉴定方法进行罗列总结并提出了弧菌分类鉴定方法的发展方向。 关键字：弧菌；16SrRNA；MLSA；全基因组序列；序列分析；分类 1 弧菌简介 弧菌是一类广泛分布于自然界，尤以水生为多的革兰氏阴性菌。弧菌科（Vibrionaseae）大多数为氧化酶阳性，有端鞭毛、动力阳性。弧菌属（Vibrio）分解葡萄糖，产酸不产气，对弧菌抑制剂O/129（二氨基二异丙基喋啶）敏感。 由意大利人Filippo Pacini发现第一种弧菌以来，至今已超过74种弧菌被发现[1]。 某些弧菌是人及水产动物的致病菌。如副溶血性弧菌（Vibrio Parahaemolyticus）、河弧菌(Vibrio Fluvialis)等能引起食物中毒；鳗弧菌(Vibrio Anguillarum) 、鲑弧菌(Vibrio Salmonicida)、哈维氏弧菌（Vibrio Harveyi）等是某些水产养殖动物的病原菌；霍乱弧菌（Vibrio Cholerae）中的O1群古典生物型(Classical Biotype，CVC)、埃尔托生物型(El Tor Biotype，EVC)和O139群VC能引起慢性腹泻疾病或造成局域性流行[2]。霍乱弧菌的潜伏期一般1-2天，短的数小时，长的5-6天。霍乱弧菌干燥2h或加热55℃lOmin即死亡，煮沸立即死亡[3]。 弧菌的致病过程包括黏附、侵袭、体内增殖及产生毒素等，这与弧菌产生的毒力因子有关。目前发现的弧菌毒力因子有外毒素(Exotoxin)、蛋白酶(Protease)、荚膜(Capsule)、载铁体(Siderophore)及外膜蛋白(Outer Membrane Protein，OMP)等[4]。 某些海洋弧菌（如Vibrio Pacini）可产几丁质酶[5]，进而分解几丁质增加海洋中氨基糖的来源。还有的弧菌能产抗生素，降解多元环芳香烃以及为某些水生生物提供多不饱和脂肪酸。 2 弧菌的分类鉴定 根据伯杰氏系统细菌学手册（第二版，2004年），弧菌属于γ-变形菌纲，弧菌科有8个属，弧菌属包括51个种。2003年，Thompson等通过16S rRNA序列和表型特征分析把弧菌分为3个科。2004年，Thompson等通过16S rRNA，recA与rpoA基因序列分析把弧菌分为4个科（Salinivibrioaceae，Enterovibrioaceae，Photobacteriaceae，Vibrionaceae）[6]。其中Vibrionaceae只有一个含63种弧菌的弧菌属。 微生物分类鉴定方法主要有4种：在表型特征水平上，通过观察微生物的形态特征、运动性、酶反应、营养要求、生长条件、代谢特性、致病性、抗原性和生态学特性等进行鉴定的方法；在细胞组分水平上，对细胞壁、脂类、醌类和光合色素等的鉴定；在蛋白质水平上，有氨基酸序列分析、凝胶电泳和各种免疫标记技术等；在核酸水平上，包括G+Cmol%值的测定，核酸分子杂交，16S或18S rRNA寡核苷酸序列分析，重要基因序列分析和全基因组测序等[7]。 2.1 表型特征分类鉴定 目前主要使用增菌液和选择性培养基分离检测弧菌。根据巫结冰等人实验发现使用CV培养基（科玛嘉弧菌显色培养基）可同时对海(水)产品进行多种弧菌的检测[8]，另外也可以用无营养盐的海水双层琼脂平板法[9]及选择性培养基TCBS（硫代硫酸钠柠檬酸胆盐蔗糖培养基）进行检测[10][11]。 2.2 分子水平上的分类鉴定 在对弧菌的分类鉴定上，可采用API 20E和Biolog GN等生理生化标准鉴定系统进行鉴定；也可采用DNA-DNA杂交(DNA-DNA Hybridization,DDH)[12]，RFLP（Random Fragment Length Polymorphism)，微阵列技术（Microarray），长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP)，基因外重复回文系列PCR（Repetitive Extragenic Palindrome PCR，rep-PCR）[13]，多位点酶电泳法(Multilocus Enzyme Electrophoresis，MLEE)，多位点序列分析（Multilocus Sequence Typing，MLST)，多重PCR（Multiplex PC）[14]等在分子水平上进行鉴定。 DDH在弧菌分类学中只有当DNA-DNA的相似性高于80%时，