蕨类植物RNA-seq转录组进化分析.docVIP

华中农业大学2016届本科毕业论文 本科毕业论文(设计) 题 目 蕨类植物RNA-seq转录组进化分析 The fern RNA-seq transcriptome evolution analysis 姓 名 李承杰 学 号 2012304201216 学 院 信息学院 专业班级 生物信息学1202 指导教师 张青叶/刘彬旭 职 称 副教授/高级生物信息分析师 中国·武汉 二〇一六 年 六 月 分类号 密级 本科毕业论文 蕨类植物RNA-seq转录组进化分析 The fern RNA-seq transcriptome evolution analysis 学生姓名： 李承杰 学生学号： 2012304201216 专业班级： 生信1202 指导教师： 张青叶 副教授 校外指导老师： 刘彬旭 高级生物信息分析师 信息学院 二○一六年 六 月 基于RNA-seq的进化转录组分析研究蕨类植物进化关系 PAGE \* MERGEFORMAT PAGE \* MERGEFORMAT IV PAGE \* MERGEFORMAT I PAGE \* MERGEFORMAT I 基于RNA-seq的进化转录组分析研究蕨类植物进化关系 目 录 TOC \o 1-3 \h \u HYPERLINK \l _Toc16278 摘 要 PAGEREF _Toc16278 IV HYPERLINK \l _Toc6582 1 前言 PAGEREF _Toc6582 6 HYPERLINK \l _Toc31688 1.1 问题的由来 PAGEREF _Toc31688 6 HYPERLINK \l _Toc24875 1.2 文献综述 PAGEREF _Toc24875 7 HYPERLINK \l _Toc14186 1.3 研究目的 PAGEREF _Toc14186 7 HYPERLINK \l _Toc26089 2 相关理论及分析方法 PAGEREF _Toc26089 9 HYPERLINK \l _Toc14694 2.1 转录组测序 PAGEREF _Toc14694 9 HYPERLINK \l _Toc2546 2.2 de novo 组装 PAGEREF _Toc2546 9 HYPERLINK \l _Toc16242 2.2.1 de novo组装的意义 PAGEREF _Toc16242 10 HYPERLINK \l _Toc20730 2.2.2 de novo组装的基本原理 PAGEREF _Toc20730 10 HYPERLINK \l _Toc20478 2.3 ORF预测 PAGEREF _Toc20478 11 HYPERLINK \l _Toc6925 2.3.1 ORF预测的意义 PAGEREF _Toc6925 11 HYPERLINK \l _Toc30908 2.3.2 ORF预测基本原理 PAGEREF _Toc30908 11 HYPERLINK \l _Toc7563 2.4 基因功能注释 PAGEREF _Toc7563 13 HYPERLINK \l _Toc17976 2.4.1基因功能注释的意义 PAGEREF _Toc17976 13 HYPERLINK \l _Toc21713 2.4.2基因功能注释的原理 PAGEREF _Toc21713 13 HYPERLINK \l _Toc25944 2.5 直系同源基因及系统发育树 PAGEREF _Toc25944 14 HYPERLINK \l _Toc15423 2.5.1直系同源基因的识别方法 PAGEREF _Toc15423 15 HYPERLINK \l _Toc9664 2.5.2系统发育树的构建方法 PAGEREF _Toc9664 16 HYPERLINK \l _Toc18316 3 样本及测序数据预处理 PAGEREF _Toc18316 16 HYPERLINK \l _Toc3179