RIPPLY2基因变异对散发半椎体畸形的致病性-北京协和医学院.PDFVIP

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2019-01-19 发布于天津
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RIPPLY2基因变异对散发半椎体畸形的致病性-北京协和医学院.PDF

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RIPPLY2基因变异对散发半椎体畸形的致病性-北京协和医学院

学校代码： 10023 学号： 200801079 RIPPLY2 基因变异对散发半椎体畸形的致病性评估专业年级：北京协和医学院临床医学专业08 级姓名：刘振磊导师：邱贵兴教授北京协和医学院临床学院北京协和医院骨科完成日期： 2016 年 5 月第1 页目录目录 2 中文摘要5 Abstract 7 前言9 1.背景介绍9 2. CS 的病因学研究现状 10 2.1 体节发生及其信号调控 10 2.2 CS 的病因学研究 17 2.3 二代测序技术 29 3. 课题设计思路 30 第一部分 31 CS 患者标本采集、DNA 提取及半椎体表型筛选 31 1.1 材料与方法 31 1.1.1 实验设备 31 1.1.2 主要试剂 31 1.1.3 样本采集 32 1.1.4 表型评估及筛选 34 1.1.5 外周血全基因组DNA 提取 34 1.2 结果与分析 35 1.2.1 DNA 质量检测 35 1.2.2 入选样本表型信息 36 1.3 讨论 38 第二部分 39 半椎体畸形患者6 号、16 号染色体的靶向测序 39 2.1 材料与方法 39 2.1.1 TBX6、RIPPLY2 基因靶向测序芯片设计 39 2.1.2 靶向测序 39 第2 页 2.1.3 数据分析方法40 2.2 结果与分析40 2.2.1 注释结果文件说明40 2.2.2 筛除16p11.2 缺失及TBX6 基因无义突变导致的半椎体畸形42 2.2.3 RIPPLY2 基因SNV 水平变异45 2.2.4 RIPPLY2 基因CNV 水平变异46 2.3 讨论47 2.3.1 TBX6 基因变异是CS 的重要病因47 2.3.2 RIPPLY2 基因SNV 水平的变异可能对CS 贡献率不高47 2.3.3 RIPPLY2 基因CNV 水平的变异有待于进一步评估48 2.4 结论48 第三部分49 CS-R-001 家系全基因组测序49 3.1 材料与方法49 3.1.1 CS-R-001 父母外周血DNA 提取49 3.1.2 全基因组测序49 3.1.3 数据分析方法49 3.1.4 PCR 及Sanger 测序验证CNV 50 3.2 结果与分析 52 3.2.1 WGS 数据质量控制 52 3.2.2 CNV 验证 53 3.2.3 家系WGS 数据分析 55 3.2.4 RIPPLY2 相关基因突变分析 61 3.3 讨论 64 3.3.1 WGS 数据质量合格 64 3.3.2 患者存在RIPPLY2 基因的CNV，且遗传自母亲 64 3.3.3 WGS 数据无法解释患者的半椎体畸形 65 3.4 结论 66 展望 67 第3 页参考文献 68