三种生物降解酶催化机理的理论研究物理化学专业论文.docxVIP

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三种生物降解酶催化机理的理论研究物理化学专业论文.docx

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三种生物降解酶催化机理的理论研究物理化学专业论文

山东大学硕士学位论文3-2．2 山东大学硕士学位论文 3-2．2 QM／MM计算方法和软件 11 3．3结果与讨论 12 3．3．1反应复合物的结构．12 3．3．2反应机理．13 3．3．2．1第一个半反应 j 13 3．3．2．2第二个半反应一15 3．3．3 Y160A突变体 17 3．3．4残基静电分析。19 3．4结论．20 参考文献．．20 第四章2．吡喃酮．4，6．二羧酸水解酶反应机理的理论研究．23 4．1前言．23 4．2计算方法 24 4．2．1模型构建．24 4．2．2 QM／MM计算．25 4．3结果与讨论．．27 4．3．1 2一吡喃酮-4，6一二羧酸内酯酶的结构．．27 4．3．2反应路径．28 4．3．3突变分析．．30 4．3．3．1突变体H31N 31 4．3．3．2 Hl 80A突变体．33 4．4结{仑．34 参考文献 34 第五章2，4’一二羟基苯乙酮加双氧酶催化机理的理论研究 39 5．1前言 39 万方数据山东大学硕士学位论文5．2计算方法山东大学硕士学位论文 5．2计算方法 41 5．2．1模型预处理．41 5．2．2 QM／MM计算．41 5．3结果与讨论 42 5．3．1底物．酶．超氧复合物的本质： 42 5．3．2反应机理．45 5．3．2．1实验上提出的机理．．45 5．3．2．2根据计算结果修正的反应机理．．48 5．4结j沧．51 参考文献．．51 硕士期间发表论文一55 致谢～57 万方数据山东大学硕士学位论文CoNTENT 山东大学硕士学位论文 CoNTENT Abstract in Chinese ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．I Abstract in English．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．，．．．III Chapter 1 Introduction ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． 1 1．1 Review ofenzymes ． 1 1．1．1Define．nature and classify ofenzymes ．1 1．1．2 Chemical composition ofenzyme ．．1 1．1．3 Structure ofenzyme ．一2 1．1．4 Character ofenzymatic reaction 一1 1．1．5 Formation ofenzyme—substrate complex 2 1．1．6 Mechanism ofenzymatic reaction．．．。．．。。．。．．。。．。．．．。．。．．．．。．．．。．。．．．．．．． ·2 1．1．7 Dymatics ofenzymatic reaction 一3 1．2 Potential application of enzymatic reaction．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． 3 1．3 Purpose and contents ofthis paper ·3 References ．．3 Chapter 2 Theoretical basis and computational methods ·5 2．1 Method ofmolecular dynamics ．5 2．2 Method ofquantum chemistry ．．5 2．3 QM／MM method．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． 6 Reflerences ．． 7 Chapter 3 Theoretical study of the reaction mechanism ofN—acyl homoserine lactonase 一9 3．1 Intl．oduction 9 3．2 Computational methods．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． 10 3．2．1 Setup ofthe system．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． · 10 1 3．2．2 QM／MM methodology ．．．．．．．．．．．．． 1 3．3 ResuIts and discussion ．．．12 3．3．1 StructIlI-e ofthe reactant c