深海沉积物细菌pseudoalteromonasspsm9913适应环境的生活方式及其生理与遗传机制微生物学专业论文.docxVIP

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2019-01-20 发布于上海
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深海沉积物细菌pseudoalteromonasspsm9913适应环境的生活方式及其生理与遗传机制微生物学专业论文.docx

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深海沉积物细菌pseudoalteromonasspsm9913适应环境的生活方式及其生理与遗传机制微生物学专业论文

山东大学博士学位论文目录山东大学博士学位论文目录摘要．I Abs仃act ．．VII 常用符号说明及缩略词表 XIV 第一章研究背景和立题依据．．1 1．1细菌的生活方式．1 1．1．1附着的生活方式一l 1．1．2运动的生活方式．．2 1．2海洋细菌的生活方式．9 1．2．1海洋环境和海洋生物的生活方式 9 1．2．2海洋环境和海洋细菌的生活方式．10 1．3立题依据与研究内容 1l 1．3．1立题依据 11 1．3．2研究内容 13 第二章实验材料和方法 15 2．1菌株、质粒、培养基和培养方法 15 2．1．1菌株 15 2．1．2质粒．16 2．1．3培养基 l 8 2．1．4培养方法 l 8 2．2主要试剂和试剂盒 19 2．2．1培养基配制相关试剂 19 2．2．2试剂盒 19 2．2．3工具酶 20 万方数据山东大学博士学位论文2．2．4其它试剂山东大学博士学位论文 2．2．4其它试剂 20 2．3主要耗材和仪器 20 2．4菌株风．sp．SM9913中基因的敲除 21 2．4．1敲除载体的构建 2 1 2．4．2利用敲除载体进行基因敲除 25 2．5突变体中被敲除基因的回补 28 2．5．1回补载体的构建 28 2．5．2利用回补载体进行突变株的回补 30 2．6菌株与黏土颗粒的结合实验 30 2．7菌株运动性的检测实验 32 2．7．1游动实验 32 2．7．2群涌实验 32 2．8群涌菌落边缘的原位观察 33 2．9利用原子力显微镜对极生和侧生鞭毛进行观察 33 2．9．1极生鞭毛的观察 33 2．9．2侧生鞭毛的观察 33 2．1 0转录组测序及生物信息学分析．34 2．10．1游动状态细胞总IⅢA的提取 34 2．10．2群涌状态细胞总I斟A的提取 34 2．10．3测序和生物信息学分析．．34 2．1l实时荧光定量PCR 35 2．11．1游动状态和群涌状态细胞总RNA的提取 35 2．11．2 RNA样品中基因组DNA的去除和反转录 35 2．11．3标准曲线的制作．．35 2．11．4同一基因在群涌与游动两种状态中表达水平的比较．．36 万方数据山东大学博士学位论文2．12培养基中添加铁离子对R．sp．SM9913的群涌运动的影响山东大学博士学位论文 2．12培养基中添加铁离子对R．sp．SM9913的群涌运动的影响．．37 2．13液体海水LB培养基中总铁离子浓度的测定 37 2．13．1试剂的配制．．37 2．13．2标准曲线的制作一38 2．13．3液体海水LB培养基中铁离子浓度的测定 38 2．14培养基中添加铁离子对R．Sp．SM9913的生长的影响 39 2．15菌株在黏土中运动能力的检测实验．39 2．16群涌运动菌落扩张的定量分析．40 2．17基因组分析和生物信息学分析方法．4l 2．17．1鞭毛基因簇中基因的比对分析和鞭毛基因簇图谱的绘制一4l 2．17．2 RP“如口Z胞m聊。即傩和s厶已w口玎P肠两属中菌株鞭毛系统个数的统计．．41 2．17．3在线网站．．4l 2．17．4软件 42 第三章实验结果和分析讨论 43 3．1底栖细菌风P甜如口抛m所D胛傩．sp．SM9913颗粒附着的生活方式及其遗传机制43 3．1．1引言 43 3．1．2 R．sp．SM9913颗粒附着的生活方式 43 3．1．3菌株R．sp．SM9913颗粒附着的生活方式的遗传机制．45 3．1．4讨{念．46 3，2底栖细菌A。sp．SM9913的运动性及其遗传基础。47 3．2．1引言 47 3．2．2风．sp．SM9913的两套鞭毛基因系统的分析 48 3．2．3 n．sp．SM9913的游动和群涌运动的表征 49 3．2．4 n．sp．SM9913的游动和群涌运动的遗传基础 52 3．2．5讨论 66 万方数据山东大学博士学位论文3．3 山东大学博士学位论文 3．3 n．sp．SM9913两种运动方式的调控一69 3．3．1游动和群涌运动的比较转录组学分析 69 3．3．2胞外多糖对群涌运动的调控作用 82 3．4底栖细菌R．sp．SM9913在深海沉积物中运动生活方式的模拟研究 89 3．4．1引言 89 3．4．2风．Sp．SM9913在黏土中运动性的研究 89 3．4．3 A．sp．SM9913在黏土中运动的遗传基础 90 3．4．4风P甜如口抛阳历o，z傩和s办Pw口，zP肠属海洋细菌中鞭毛系统个数的分析 91 3．4．5讨论．92 3．5菌株SM9913底栖生活方式模型的提出 95 全文总结与展望一97 一、本论文取得的创新性结果一97 二、本论文的不足与下一步研究展望一98 参考文献 100 在读期间论文发表情