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Species Delimitation and Historical Biogeography in the Genus Helice (Brachyura: Varunidae) in the Northwestern Pacific Wei Yin, Cuizhang Fu*, Li Guo, Qixin He, Jun Li, Binsong Jin, Qianhong Wu and Bo Li 西北太平洋厚蟹属的物种界定和生物地理研究 ZOOLOGICAL SCIENCE 26: 467–475 (2009) 报 告 人： 胡志勇 指导教师：傅萃长 副教授 作者介绍 通讯作者：傅萃长 博士研究生 复旦大学 研究方向：生物地理学，鱼类进化 副教授 复旦大学 主要研究方向：生态与历史生物地理；亲缘动物地理学；鱼类的系统发育与进化；河口的鱼类生态学与渔业 第一作者：殷维 Contents 研究背景 1 目的内容 2 材料方法 3 研究结果 4 讨论 5 重要名词解释 Pliocene：上新世，属于新生代第三纪后期，上新世猿人下树进入平地 Pleistocene：更新世，属于新生代第四纪早期，更新世人类开始出现 junior synonyms：后来命名的同物异名种，一般不被采用 analysis of molecular variance (AMOVA)：分子方差分析指通过估计单倍型(含等位基因) 或基因型之间的进化距离,进行遗传变异的等级剖分，巧妙的避开了分子差异不便于计算的难题 Haplotyple：是单倍体基因型的简称，在遗传学上是指在同一染色体上进行共同遗传的多个基因座上等位基因的组合 研究背景 厚蟹属Helice 厚蟹隶属于节肢动物门、甲壳纲、十足目、方蟹科 厚蟹种类：台湾厚蟹H. formosensis; 侧足厚蟹H. latimera; 天津厚蟹H. tientsinensis; 三齿厚蟹H. Tridens共四种 2. 厚蟹分布：西北太平洋大陆和岛屿海岸线潮间带的较高区域 From baidu Yin et al. 研究背景 西北太平洋独特的地理特征 邻接着众多的边缘浅海，有日本海、黄海、东中国海、南中国海 西北太平洋在末次盛冰期时的海岸线(Ota, 1998) 引自陈卉 上新世和更新世冰期交替 海平面的升降 海面轮廓改变 影响物种的 形成 隔离和 二次接触 作用过程 研究背景—此前的研究 影响近海鱼类种群空间结构(Liu et al., 2006, 2007) 影响海洋产卵蟹类的物种形成和种群空间结构(Wang et al., 2008) 影响潮间带螺类和近海 鱼类的系统地理分布 (Kojima et al., 2003, 2004, 2006; Liu et al., 2008) 鱼类 蟹类 螺类 鱼类 上新世和更新 世冰期交替 西北太平洋洋流 研究背景 此前的研究 Shih and Suzuki (2008) 分析了厚蟹线粒体16S RNA 和COI基因，认为H. latimera, H. formosensis和H. tientsinensis组成了一个有待解决的复合分支H. latimera clade，由此推测厚蟹可能只由两个种组成H. latimera 和H. Tridens 研究背景 Shih and Suzuki的研究存在的不足 使用的分子标记少，仅有16S RNA 和COI基因 研究的地理区域相对较小 形态学没有佐证Shih提出的H. formosensis和H. Tientsinensis是H. latimera同物异名种(他们眼框下的齿堤数有显著差异) 没有给出明确的种的分界标准 研究目的 本研究拟解决的问题 扩大研究的范围使用更多分子标记探究厚蟹属内物种的个数，建立种与种之间的形态学分类标准 研究厚蟹属的历史生物地理学 ，分析厚蟹属的物种形成机制 材料方法 厚蟹的采集 共17个样点 共采集123个样本, —42 H. formosensis —37 H. latimera —42 H. tientsinensis —1 Helicana wuana —1 Chasmagnathus convexus 材料方法 DNA的提取,扩增,测序 采用酚氯仿法从蟹的腿部肌肉提取总DNA(Palumbi, 1996) PCR扩增以下片段：12S rRNA, 16S rRNA, COI, ITS-2和28S rRNA 1.5–2.0%的琼脂糖凝胶电泳纯化PCR产物 使用与PCR相同的引物做测序 实验内容 系统发育树的构建 第一步：序列排序和视觉检查 (Clustal X 1.83 (Thompson e