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一种通用的、基于agent的生物资源整合架构

《上海生物医学工程》杂志 年第 卷第 期 == ? @ ·OP O · 一种通用的、基于!#$% 的生物资源整合架构 骆婷婷 马文丽 姚文娟 郑文岭 上海大学电子生物技术研究中心 (上海 ’’’( ) 【摘要】 众所周知,随着基因组测序工作的蓬勃发展和后基因组时代的到来,生物信息学数据呈指数级 增长。生物界在享受着资源共享所带来便利的同时,也随着数据总量和复杂性的不断增加而变得异构化和 分布化。目前,各种生物计算软件和数据库资源通常标准不一而且很难兼容。因此,如何在这些异构资源之 间实现数据集成与软件共享是有效利用生物信息资源的关键。为解决以上问题,本文提出了一种新型的数 据整合架构,该架构通过将)#* 服务与并行计算相结合的方法,轻松地实现了对异地资源数据的访问、提取、 转化以及整合。实验证明,本系统在处理异构、海量数据方面有着巨大的计算潜力。 【关键词】 生物信息学 异构资源 、 服务 并行计算 !#$% +#* ! #$%’()* !+#,-.)(/ 0#,+’),$1# !’23$,2,4’ 51’ 6$1*1+$2)* 7(14’2( ,-. /0$%0$ 12 +#$30 42. +#$5-2$ 67#$ +#$30$ 80.9:3#;%.$0;= #=#2;7 ?#$%#, ( ) @72$720 A$0B#=0%C @72$720 ’’’( 【 】 !.(,’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