生物信息实验报告册.docVIP

实验一 熟悉生物信息学网站及其数据的生物学意义 实验目的： 培养学生利用互联网资源获取生物信息学研究前沿和相关数据的能力，熟悉生物信息学相关的一些重要国内外网站，及其核酸序列、蛋白质序列及代谢途径等功能相关数据库，学会下载生物相关的信息数据，了解不同的数据文件格式和其中重要的生物学意义。 实验原理： 利用互联网资源检索相关的国内外生物信息学相关网站，如：NCBI、SANGER、TIGR、KEGG、SWISSPORT、Ensemble、中科院北京基因组研究所、北大生物信息学中心等，下载其中相关的数据，如fasta、genbank格式的核算和蛋白质序列、pathway等数据，理解其重要的生物学意义。 实验内容： 浏览和有哪些信誉好的足球投注网站至少10个国外和至少5个国内生物信息学相关网站，并描述网站特征； 下载各网站的代表性数据各10条（组）以上，并说明其生物学意义； 讨论各网站适合做何种生物信息学研究的平台，并设计一个研究设想。 实验报告： 一、国外生物信息学网站 /Blast.cgi BLAST是基本局部对比有哪些信誉好的足球投注网站工具，是一种序列类似性检索工具，它运行BLASTN、BLASTP、BLASTX、tBLASTN、tBLASTX等五种子程序的启发式检索算法。 在NCBI上面查找需要的基因序列，这里以P53基因为例，其cDNA的fasta结构下载网址为： /nuccore/AF307851? 然后进入BLAST页面，根据分析目的选择序列对比种类： 这里选择核酸序列对比（nucletide blast）.对比结果如下： 以上信息显示序列对比相似度。 /gquery/?term=entrez Entrez是一个全局的生物医学有哪些信誉好的足球投注网站引擎，它可以检索的数据库主要包括三类： 文献数据库 PubMed, PubMed Central,Journals,Books,OMIM,OMIA. 序列数据库 Nuckeotide,Protein,Genome,Structure,SNP. 其他数据库 Taxonomy,Gene,UniGene,HomoloGene,Conserved Domains, 3D Domains,UniSTS,PopSet等等。 下面列举一些该网站的信息： 输入要查询的生物的名称，如菜豆英斑驳病（BPMV）,在该页面中会显示相关信息的条数。如生物医学文献有相关的32条信息。下面列举几条： ①.Landscape epidemiology of bean pod mottle comovirus: molecular evidence of heterogeneous sources. ②Silencing genes encoding omega-3 fatty acid desaturase alters seed size and accumulation of Bean pod mottle virus in soybean. 核苷酸相关信息44条，下面列举两条： ①.Bean pod mottle virus strain K-Hopkins1 segment RNA-2, complete sequence ②.Bean pod mottle virus strain K-Hancock1 segment RNA-2, complete sequence 蛋白质序列相关信息66条，下面列举几条： ①Chain 2, Bean Pod Mottle Virus (Bpmv), Top Component ②Chain 1, Bean Pod Mottle Virus (Bpmv), Top Component http://www.ebi.ac.uk/ EBI (欧洲生物信息学中心)全称是European Bioinformatics Institute，是一个非盈利性的学术机构，是欧洲分子生物学实验室（EMBL，全称是European Molecular Biology Laboratory）的一部分。它的主要任务是建立、维护和提供生物学数据库以及信息学服务，从而支持生物学数据的存放和进一步挖掘。EBI几个重要的数据库：EMBL核酸数据库、UniProt Knowledgebase、大分子结构数据库、ArrayExpress、Ensembl、IntAct、UniProtKB、InterPro等 http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?+srsq2+-noSession 5./ EBI提供了很多数据库查询工具，序列查询系统SRS和BioMart都是比较常用的工具之一，它们与Entrz检索系统类似。SRS还提供了一系列的序列分析工具可以直接进行在线序列分析处理。如下图所示： 6./ UCSC