分子显示软件Rasmo简单使用说明.doc

RASMOL简明使用说明 Introduction RasMol是一个分子图像软件，利用它可以很方便地、用多种方法、交互式地显示蛋白质、核酸和有机小分子的结构，对于演示、教学以及制作高质量的图形都有很大的用途。RasMol具有不同的版本，可以在Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX和VMS上运行。在Windows中的程序称为RasWin。 RasMol之后，屏幕上会出现一个显示窗口和一个命令窗口。其中，显示窗口用于显示分子的三维结构，并有下拉式的菜单可供执行多种显示功能；命令窗口可用于显示信息，并可供用户键入各种RasMol支持的命令，作为对菜单功能的完善和补充。 用户可以利用鼠标交互式地、即时地操作分子。主要用法为： Mouse left key: X, Y axis rotation Mouse right key: X, Y axis translation Mouse left key + shift: Scaling Mouse right key + shift: Z axis rotation Frequently used menu in RASMOL： File: Open: 打开一个存储着分子结构的文件(PDB格式或MOL2格式) Close: 关闭已打开的文件，擦去显示窗口中的分子 Edit: Select: 激活分子中所有的原子作为显示的对象 Display: Wireframe: 点线图 Backbones: 显示大分子的主链 Sticks: 棍棒图 Spacefill: 空间填充图 Ball Stick: 球棍图 Ribbons: 大分子飘带图 Strands: 大分子线带图 Cartoons: 大分子卡通图 Colours: Monochrome: 单色图 CPK: 按原子类型着色 Carbon light grey Oxygen red Hydrogen white Nitrogen light blue Sulphur yellow Phosphorous orange Chlorine green Bromine brown Metals dark grey Chain: 按大分子中不同的链着以不同的颜色 Structure: 按大分子中不同的二级结构单元着以不同的颜色 Alpha helices magenta Beta sheets yellow Turns pale blue Others white Options: Exports: 可以把显示窗口中当前的显示输出为GIF, BMP, Postscript等各种格式的图形文件，可供记录或打印输出。 Help: 如果是Windows版本，此菜单可以打开help说明窗口。 Frequently used commands in RASMOL： background: 设置显示窗口背底的颜色 background color dots: 显示原子的van der Waals表面 dots on/off hbonds: 显示大分子内的氢键 hbonds on/off reset: 清除所有变量的设置，恢复初始状态 reset restrict: 选定用户定义的原子集合，之后所有的显示操作均对选定者有效，未选定者不在显示窗口中显示 restrict expression (expression 的定义详见后面的说明) select: 选定用户定义的原子集合，之后所有的显示操作均对选定者有效，未选定者在显示窗口中维持原有的显示 select expression show: 在命令窗口中显示有关该分子的一些信息 show information/sequence ssbonds: 显示二硫键 ssbonds on/off Colour Schemes in RASMOL blue black cyan green greenblue magenta orange purple red redorange violet white yellow Predefined Sets acidic basic neutral hydrophobic polar charged small medium large acyaclic cyclic al