测序与芯片高通量数据挖掘与分析学习班.PDF

/meeting/ 测序与芯片高通量数据挖掘与分析学习班 生物信息学 （bioinformatics）定义：是在大分子方面的概念型的生物学，并且使用了信 息学的技术，这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法，并以 此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。 培训目的： 很多老师都做过测序或者芯片实验，虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析，比如 过滤、质控、比对、定量和差异等，但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析，并不能完整 的讲一个故事！因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力，从海量信息中获得自己想 要的关键基因！ 培训预期：通过2 天的培训，使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点（具 体见最后），可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。 生物信息学魅力： 帮助预测疾病相关的潜在基因，以及该基因潜在的作用靶点、上游调控转录因子等，从 而指导实验方向、缩小试验范围、简化试验流程。 为基金申请提供支持，通过强大的信息数据的收集整理，减少投入增强研究目的性；且 通过整合技术优势，指导提高临床诊断水平。 丰富的免费的数据资源和生物软件工具： 数据库：NCBI, EBI, DDBJ, PDB, SWISS-PROT 等；软件工具：Cytoscape，BLAST, R 语言，String, David 等 案例： 该文献的分析流程如下图所示： /meeting/ 我们可以看到该文献主要的分析步骤有：差异表达分析、聚类热图构建、GO 和KEGG 通路分析、蛋白互作网络分析、生存曲线分析等。我们的主题基本上按照类似的文献思路进 行讲解，和大家一起分享一下一篇SCI 文章的生信分析步骤。 通过2 天的学习，我们可以掌握一篇生信SCI 文献的所有分析模块，并可以独立的结 合自己的研究方向进行生信分析和数据挖掘，获得一套属于自己的分析结果。 第一天上午第一节：基因数据库使用介绍 测序标准报告的解读。 NCBI Gene数据库：最权威的基因综合数据库之一。 NCBI GEO 数据库： 数据量最大的高通量公共数据库。 GEO2R 工具：在线做差异分析的R 工具 bioDBnet：在线基因ID 转换工具。 Uniprot： 最权威的蛋白综合数据库之一。 第一天上午第二节： DAVID 工具——功能富集分析 功能富集的原理和意义 基因ID 转换 基因功能注释 （GO ，KEGGpathway） 基因功能富集 （GO ，KEGGpathway） 基因功能聚类 （GO ，KEGGpathway） 第一天下午第三节 聚类热图及pathway map 图 KEGG 数据库：最权威的通路数据库 （pathwaymap 分析） HEMI 软件：构建聚类热图的本地软件 第一天下午第四节. STRING 工具——基因/蛋白相互作用分析 （PPI） 蛋白互作分析的原理和意义； 单个蛋白的蛋白互作分析； 多个蛋白的蛋白互作分析； STRING 工具的使用步骤：输入、参数设置、输出等。 第二天上午第五节 cytoscape 网络做图软件 （上） 网络图构建 逐个修改节点的属性和修改边的属性 网络展示方式layout 更美观 网络统计分析 第二天下午第六节 cytoscape 网络做图软件 （下） 批量修改节点的属性和修改边的属性 Cytoscape 的常用插件：ClusterONE Cytoscape 的常用插件：BinGO 第二天下午第七节 答疑环节 /meeting/ 通过该主题的学习，可以学会： 1. 高通量公共数据的详细信息查找/下载； 2. 在线做差异表达分析 3. 在线blast 分析 4. 基因ID 转换 5. 通路map 图制作 6. 功能富集分析 7. 蛋白互作分析 8. 网络图的构建和美化。 示例图 通路富集分析结果图