甲型副伤寒沙门菌MLVA分型方法的建立及应用汇总.pdfVIP

目 录 常用英文缩写 1 中文摘要2 英文摘要4 论文正文 引言6 材料7 方法9 结果16 讨论28 结论30 参考文献31 附录35 文献综述54 发表及待发表论文60 致谢61 常 用 英 文 缩 写 英文缩写 英文全称 中文全称 SPA Salmonella pa ratyphoid A 甲型副伤寒沙门菌 VNTR Variable Number Tandem Repeat 可变数目串联重复序列 MLVA Multiple-Locus VNTR Analysis 多位点可变数目串联重复序列分析 PFGE Pulsed-field gel electrophoresis 脉冲场凝胶电泳 TRF Tandem Repeats Finder software 串联重复序列查找软件 PCR Polymerase chain reaction 聚合酶链反应 dNTP Deoxyribonucleoside triphosphate 脱氧核糖核苷三磷酸 HPCE Capillary electrophoresis 毛细管电泳 UPGMA unweighted pair-group method with 非加权组平均法 arithmetic means bp Base pairs 碱基对 RNA ribonucleic acid 核糖核酸 DNA deoxyribonucleic acid 脱氧核糖核酸 EB Ethidium Bromide 溴化乙锭 S Second 秒钟 min Minute 分钟 h Hour 小时 1 甲型副伤寒沙门菌MLVA 分型方法的建立及其应用 硕士研究生：盘 箐 导 师：刘 劼 副教授 中文摘要 研究目的：建立甲型副伤寒沙门菌 （Salmonella paratyphoid A ，SPA）多位点可 变数目串联重复序列分析 （Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis ，MLVA ）分子分型方法，并用于云南甲型副伤寒沙门菌的分型分析。 材料和方法：21 株 SPA 参考菌株购买于中国医学细菌保藏管理中心，194 株应 用于分型分析的SPA 临床分离株分离自2005-2009 年中国云南省玉溪市。应用系 统测试法，根据国际测序株A-9150 和A-12601 的基因组测序结果，首先用TRF 软件筛选和鉴定串联重复位点，然后基于序列和标本测试筛选多态性串联重复序 列 （Variable number tandem repeat ，VNTR ）。设计引物，PCR 扩增VNTR,通过普 通琼脂糖凝胶电泳、毛细血管电泳和测序确定 VNTR 。最后将筛选结果应用于 194 株临床分离株的分型，用Bionumerics 软件效用均等的分类资料UPGMA 分 析方法对分析结果进行聚类分析，以分类图或者最小扩展树的形式展现聚类分析 的结果。 研究结果：应用TRF 软件在A-9150、A-12601 菌株中鉴定了1