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复合体模块是蛋白质相互作用网络中的重要组成部分： 描述功能团/进程 ； 传递信息； 重要结构形式； 了解蛋白质网络； 蛋白质相互作用网络特点： 网络直径与特征路径长度, 聚集系数是小世界特性 度的分布特性及度与度的相关性是无尺度网络特性 幂规律分布；增长和偏好连接； 向心特性 ； 模块化结构特征； * * 2) 蛋白质复合体的识别 实验测定的方法： Gavin, et al. (Nature, 2002) TAP : Tandem Affinity Purification； Ho, et al. (Nature, 2002) HMS-PCI: High-throughput Mass Spectromic Protein Complex Identification。 * * 基于计算的方法： 层次聚类的方法 优点：能够以树状结构呈现整个蛋白质网络的层次化 模块组成方式 ， 缺点：很难识别交叠的蛋白质复合物或功能模块 对噪声很敏感。 基于图划分的方法 优点：简单， 缺点：聚类得到的结果的每个蛋白质节点只能属于一个簇。 * * 基于密度的局部有哪些信誉好的足球投注网站方法 优点：可以识别交叠的蛋白质复合物或功能模块， 缺点：无法识别蛋白质网络中那些非稠密的子图结构。 * * 结合复合体的拓扑结构和生物特征, 因此选择多个拓扑特征和序列信息对复合体进行描述。 例如： 分析蛋白质复合物的拓扑结构（motif），在蛋白质复合体数据集中复合物的拓扑结构有很多种，如下图： * * 基于SVM的图聚类算法 算法输入： 蛋白质相互作用网络（PPI） 复合体正反例集合 输出： 有哪些信誉好的足球投注网站到的复合体集合 模型参数估计： 从正反例集中提取特征 利用SVM工具包训练得出参数模型 有哪些信誉好的足球投注网站复合体： 对网络中的节点按度的高低排序，从度高的节点进行有哪些信誉好的足球投注网站 * * 评价: 敏感度是指已知蛋白质复合物中被算法标识出来的部分所占比重: 特异性是指算法识别的蛋白质复合物中识别正确的部分所占比重: 综合评价指标F综合考虑敏感度和特异性两个方面: * * 7.基本技术Edman降解法 用异硫氰酸苯脂标记蛋白质或多肽的N端氨基酸，弱酸水解使毗邻PITC修饰过的氨基酸残基末端的肽键断裂，而剩下的肽链仍是完整的。断裂的末端氨基酸可以使用色谱来断定，对其他的残基依次重复上述步骤，就测出一个较长的序列。 * * 双向凝胶电泳法 * * 质谱技术被用来进行蛋白质鉴定 * * 多维液相色谱 * * * * 转录只以某一条单链的某一区段进行，将双链DNA中作为转录模板的那条DNA链称为模板链、转录链、反义链；它没有遗传信息。与转录模板链互补的那条DNA链称为非模板链、有义链、编码链（遗传信息就存在这条链上）。 * 转录只以某一条单链的某一区段进行，将双链DNA中作为转录模板的那条DNA链称为模板链、转录链、反义链；它没有遗传信息。与转录模板链互补的那条DNA链称为非模板链、有义链、编码链（遗传信息就存在这条链上）。 * 蛋白质相互作用的三种概念 A) 直接的物理相互作用 比如蛋白质结合、蛋白质 修饰、蛋白质剪切等。B) 转录调控作用 在基因表达过程中，一个蛋白质通过调控另 一个蛋白质的表达，间接的同该蛋白质发生相互作用。C) 代谢通路中的蛋白质相互作 用 酶促反应中, 两个酶可通过连续的化学反应发生间接的相互作用。 * * 蛋白质组学的这个分支是考虑蛋白质间遗传和物理的相互作用以及蛋白质与核酸或小分子间的相互作用。蛋白质相互作用的分析不仅能够提供关于蛋白质自身的功能信息，而且能够提供关于蛋白质在代谢通路、调控网络和复合体中是如何起作用的信息。该领域需要许多不同的技术平台提供不同的信息，它与功能蛋白质组学和大规模蛋白质定位分析紧密相连。 相互作用蛋白质组学（interaction proteomics）最远大的目标是：根据单个蛋白质间的二元相互作用和通过对蛋白质复合物系统分析，确定的更高级别的相互作用来构建蛋白质组的网络图。 3） 相互作用蛋白质组学 * * 有关概念 蛋白质A 蛋白质B 结合，剪切，修饰… 直接的物理相互作用 蛋白质A 蛋白质B 基因 转录调控作用 蛋白质A 蛋白质B 反应1 反应2 代谢通路中的蛋白质相互作用 * * 确定一个蛋白质功能最直接的方法是直接验证它的功能。 功能蛋白质组学（functional proteomics）是一个相对较新的进展，它可以直接进行大规模蛋白质功能测定。例如，正如Martzen和他的同事在他们具有里程碑意义的文献中所描述的：对表达蛋白的系统使用可以了解各自不同的酶活性。功能蛋白质芯片的发展能用简单的方